A hybrid strategy for comprehensive annotation of the protein coding genes in prokaryotic genome
A hybrid strategy for comprehensive annotation of the protein coding genes in prokaryotic genome
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原核基因组中蛋白质编码基因综合注释的混合策略
DOI：
10.1007/s13258-014-0263-0
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发表时间：
2015-01
期刊：
影响因子：
2.1
通讯作者：
Xiao Sun
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ke Xiao;Qing-Li Chen;Ji-Hua Wang;Xiao Sun
原核生物基因组中蛋白质编码基因的注释错误在生物信息学数据库中不断积累，而基因组注释的更新速度往往跟不上基因组序列的爆炸式增长。因此，人工纠正基因组注释错误是至关重要的。本文提出了一种结合基因从头开始预测程序和过度注释基因重新注释程序的杂交策略，用于原核生物基因组中蛋白质编码基因的重新注释。基于这一策略，对硫还原eobacter sulphreducenspca蛋白编码基因进行了全面的重新注释。结果，16个假设基因被注释为非编码序列，104个缺失基因被检索为蛋白质编码基因。后续的函数分析和序列分析表明，预测结果具有较好的可靠性和鲁棒性。在其他基因组上的进一步应用表明，这项工作可以为后期的原核基因组注释后处理提供替代工具。
Protein coding gene annotation errors in prokaryotic genomes are accumulating continually in bioinformatics databases, while the update rate of genome annotation can not keep up with the explosive increasing genome sequences in most cases. Hence it is critical to manually rectify the genome annotation errors. In this paper, a hybrid strategy by combing the gene ab initio predicting programs and the over annotated gene re-annotation programs is proposed for re-annotation of the protein coding genes in prokaryotic genomes. Based on this strategy, the protein coding genes inGeobacter sulfurreducensPCA is comprehensively re-annotated. As a consequence, 16 hypothetical genes are annotated as non-coding sequences and 104 missing genes are retrieved as protein coding genes. Subsequent function analysis and sequences analysis show that the predicting results are much reliable and robust. Further application to other genomes show that this work can provide alternative tools for later post-process of prokaryotic genome annotations.
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