A transient conformation facilitates ligand binding to the adenine riboswitch.
A transient conformation facilitates ligand binding to the adenine riboswitch.
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瞬时构象促进配体与腺嘌呤核糖开关的结合
DOI：
10.1016/j.isci.2021.103512
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发表时间：
2021-12-17
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Liu Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wu L;Chen D;Ding J;Liu Y
RNA 采用不同的构象在细胞中执行不同的功能。由于无法获取中间体，腺嘌呤核糖开关中配体识别的关键起始尚未得到表征。在这项工作中，使用停流荧光实时跟踪全长腺嘌呤核糖开关中的结构开关。我们使用 PLOR（RNA 位置选择性标记）将荧光团掺入 RNA 中所需的位置。转换序列 P1 对腺嘌呤的响应比螺旋 P4 和结合袋更快，随后结合袋 P4 稳定，P1 退火。此外，在腺嘌呤结合过程中检测到由未缠绕的 P1 组成的瞬时中间体。这些事件在 WT 核糖开关和功能突变体中均观察到。这些发现提供了对配体触发的核糖开关 RNA 构象变化的深入了解。以核苷酸分辨率实时跟踪腺嘌呤核糖开关 在腺嘌呤核糖开关中鉴定出未缠绕 P1 的瞬时构象 Helix P1 对配体的响应比结合口袋或表达平台更快生物化学；分子生物学；结构生物学
RNAs adopt various conformations to perform different functions in cells. Incapable of acquiring intermediates, the key initiations of ligand recognition in the adenine riboswitch have not been characterized. In this work, stopped-flow fluorescence was used to track structural switches in the full-length adenine riboswitch in real time. We used PLOR (position-selective labeling of RNA) to incorporate fluorophores into desired positions in the RNA. The switching sequence P1 responded to adenine more rapidly than helix P4 and the binding pocket, followed by stabilization of the binding pocket, P4, and annealing of P1. Moreover, a transient intermediate consisting of an unwound P1 was detected during adenine binding. These events were observed in both the WT riboswitch and a functional mutant. The findings provide insight into the conformational changes of the riboswitch RNA triggered by a ligand. Real-time tracking of the adenine riboswitch at nucleotide resolution A transient conformation with unwound P1 is identified in the adenine riboswitch Helix P1 responds to ligand quicker than the binding pocket or expression platform Biological sciences; Biochemistry; Molecular biology; Structural biology
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影响因子：
4.1
作者：
Nozinovic S;Reining A;Kim YB;Noeske J;Schlepckow K;Wöhnert J;Schwalbe H
通讯作者：
Schwalbe H
DOI：
10.1073/pnas.1218062110
发表时间：
2013-03-12
影响因子：
11.1
作者：
Haller, Andrea;Altman, Roger B.;Micura, Ronald
通讯作者：
Micura, Ronald
影响因子：
15
作者：
Eubanks, Christopher S.;Zhao, Bo;Hargrove, Amanda E.
通讯作者：
Hargrove, Amanda E.
影响因子：
14.9
作者：
Lund, Paul E.;Chatterjee, Surajit;Walter, Nils G.
通讯作者：
Walter, Nils G.
影响因子：
14.9
作者：
Morten MJ;Lopez SG;Steinmark IE;Rafferty A;Magennis SW
通讯作者：
Magennis SW