TROLL-Tandem Repeat Occurrence Locator
TROLL-Tandem Repeat Occurrence Locator
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DOI：
10.1093/bioinformatics/18.4.634
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发表时间：
2002-04-01
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Gao, GR
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Castelo, AT;Martins, W;Gao, GR
串联重复出现定位器(TRAIL)，是一种基于Aho-Corasick算法的轻微修改的轻量级简单序列重复(SSR)定位器。它速度很快，只需要一台标准的个人计算机(PC)就可以操作。我们报告了127个S的运行时间，在完整的阿拉伯紫薇基因组上找到了长度为20bp或更长的所有SSR-大约。130Mbase分成五条染色体-使用PC Athlon650 MHz和256MB的RAM。可用性：Troll是一个开源项目，可通过http://finder.sourceforge.net.Contact：Castelo@capsl.udel.edu获得。
Tandem Repeat Occurrence Locator (TROLL), is a light-weight Simple Sequence Repeat (SSR) finder based on a slight modification of the Aho-Corasick algorithm. It is fast and only requires a standard Personal Computer (PC) to operate. We report running times of 127 s to find all SSRs of length 20 bp or more on the complete Arabdopsis genome-approx. 130 Mbases divided in five chromosomes-using a PC Athlon 650 MHz with 256 MB of RAM.Availability: TROLL is an open source project and is available at http://finder.sourceforge.net.Contact: castelo@capsl.udel.edu.