RetroRules: a database of reaction rules for engineering biology.
RetroRules: a database of reaction rules for engineering biology.
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DOI：
10.1093/nar/gky940
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发表时间：
2019-01-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Faulon JL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Duigou T;du Lac M;Carbonell P;Faulon JL
RetroRules是代谢工程的反应规则数据库（retrorules.org）。反应规则是对化学反应的一般描述，可用于逆合成工作流程，以枚举将靶分子连接到其前体的所有可能的生物合成途径。这些规则的使用在合成生物学应用于从头发现途径和系统生物学中发现由于酶混杂引起的地下代谢的背景下变得越来越重要。在这里，我们第一次提供了一个完整的集合，其中包含从公共数据库中提取的>400 000个立体化学感知反应规则，并以社区标准SMARTS（SMIRKS）格式表示，通过不同特异性水平（反应中心周围的原子环境）的规则表示进行增强。如此众多的反应表征通过预测混杂酶的从头反应扩展了天然化学多样性。
RetroRules is a database of reaction rules for metabolic engineering (https://retrorules.org). Reaction rules are generic descriptions of chemical reactions that can be used in retrosynthesis workflows in order to enumerate all possible biosynthetic routes connecting a target molecule to its precursors. The use of such rules is becoming increasingly important in the context of synthetic biology applied to de novo pathway discovery and in systems biology to discover underground metabolism due to enzyme promiscuity. Here, we provide for the first time a complete set containing >400 000 stereochemistry-aware reaction rules extracted from public databases and expressed in the community-standard SMARTS (SMIRKS) format, augmented by a rule representation at different levels of specificity (the atomic environment around the reaction center). Such numerous representations of reactions expand natural chemical diversity by predicting de novo reactions of promiscuous enzymes.
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