FrameDP: sensitive peptide detection on noisy matured sequences.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btp024
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发表时间：
2009-03-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Schiex T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gouzy J;Carrere S;Schiex T
总结：转录组测序是全基因组研究和转录组分析的基本信息来源，随着新的测序技术取代阵列技术，转录组测序对表达分析将变得越来越重要。转录物序列中蛋白质编码区的鉴定是系统氨基酸水平分析的先决条件，更具体地说是结构域鉴定的先决条件。在这篇文章中，我们提出了FrameDP，一个自我训练的综合管道，用于预测转录本中的CDS，它可以适应不同水平的序列质量。可用性：Linux版FrameDP（Web服务器和底层管道）可从{{http：//iant.toulouse.inra.fr/FrameDP}}获得，可直接使用或独立安装。联系人：托马斯. toulouse.inra.fr
Summary: Transcriptome sequencing represents a fundamental source of information for genome-wide studies and transcriptome analysis and will become increasingly important for expression analysis as new sequencing technologies takes over array technology. The identification of the protein-coding region in transcript sequences is a prerequisite for systematic amino acid-level analysis and more specifically for domain identification. In this article, we present FrameDP, a self-training integrative pipeline for predicting CDS in transcripts which can adapt itself to different levels of sequence qualities. Availability: FrameDP for Linux (web-server and underlying pipeline) is available at {{http://iant.toulouse.inra.fr/FrameDP}} for direct use or a standalone installation. Contact: thomas.schiex@toulouse.inra.fr
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