Improving the prediction of the functional impact of cancer mutations by baseline tolerance transformation.
Improving the prediction of the functional impact of cancer mutations by baseline tolerance transformation.
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DOI：
10.1186/gm390
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发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Lopez-Bigas N
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gonzalez-Perez A;Deu-Pons J;Lopez-Bigas N
由于在肿瘤中检测到的体细胞变异数量众多，对致癌突变（驱动突变）进行高通量优先级排序是癌症基因组项目的一个关键挑战。这项任务中的一个重要步骤是评估肿瘤体细胞突变的功能影响。为此已经采用了许多计算方法，尽管大多数方法最初是为了区分与疾病相关的非同义单核苷酸变异（nsSNV）和多态性而开发的。我们的新方法——癌症的转化功能影响评分（transFIC），通过考虑基因对功能变异的基线耐受性，改进了对肿瘤nsSNV功能影响的评估。
High-throughput prioritization of cancer-causing mutations (drivers) is a key challenge of cancer genome projects, due to the number of somatic variants detected in tumors. One important step in this task is to assess the functional impact of tumor somatic mutations. A number of computational methods have been employed for that purpose, although most were originally developed to distinguish disease-related nonsynonymous single nucleotide variants (nsSNVs) from polymorphisms. Our new method, transformed Functional Impact score for Cancer (transFIC), improves the assessment of the functional impact of tumor nsSNVs by taking into account the baseline tolerance of genes to functional variants.
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影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
14.8
作者：
Kumar, Prateek;Henikoff, Steven;Ng, Pauline C.
通讯作者：
Ng, Pauline C.
DOI：
10.1038/nrc1299
发表时间：
2004-03
期刊：
Nature reviews. Cancer
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
5.8
作者：
McLaren, William;Pritchard, Bethan;Cunningham, Fiona
通讯作者：
Cunningham, Fiona
影响因子：
11.2
作者：
Carter H;Chen S;Isik L;Tyekucheva S;Velculescu VE;Kinzler KW;Vogelstein B;Karchin R
通讯作者：
Karchin R