Next-generation sequencing of Coccidioides immitis isolated during cluster investigation.
Next-generation sequencing of Coccidioides immitis isolated during cluster investigation.
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DOI：
10.3201/eid1702.100620
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发表时间：
2011-02
影响因子：
11.8
通讯作者：
Balajee SA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Engelthaler DM;Chiller T;Schupp JA;Colvin J;Beckstrom-Sternberg SM;Driebe EM;Moses T;Tembe W;Sinari S;Beckstrom-Sternberg JS;Christoforides A;Pearson JV;Carpten J;Keim P;Peterson A;Terashita D;Balajee SA
新一代测序使全基因组序列分型 (WGST) 成为基因分型和分子流行病学分析的可行且具有区分性的工具。我们使用 WGST 来确认来自 3 名接受单一捐赠者器官移植的患者的粗球孢子菌群分离物的关联，这些患者后来获得了球孢子菌病阳性检测结果。来自 3 名患者的分离株在基因上几乎相同（其中总共鉴定出 3 个单核苷酸多态性），从而证明这 3 个分离株是来自原始分离株的直接血统。我们使用 WGST 来证明粗念珠菌分离株的基因型相关性，这些分离株也具有流行病学相关性。因此，WGST 为公共健康提供了独特的好处，可用于调查被认为与单一来源相关的集群。
Next-generation sequencing enables use of whole-genome sequence typing (WGST) as a viable and discriminatory tool for genotyping and molecular epidemiologic analysis. We used WGST to confirm the linkage of a cluster of Coccidioides immitis isolates from 3 patients who received organ transplants from a single donor who later had positive test results for coccidioidomycosis. Isolates from the 3 patients were nearly genetically identical (a total of 3 single-nucleotide polymorphisms identified among them), thereby demonstrating direct descent of the 3 isolates from an original isolate. We used WGST to demonstrate the genotypic relatedness of C. immitis isolates that were also epidemiologically linked. Thus, WGST offers unique benefits to public health for investigation of clusters considered to be linked to a single source.
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影响因子：
48
作者：
Craig, David W.;Pearson, John V.;Szelinger, Szabolcs;Sekar, Aswin;Redman, Margot;Corneveaux, Jason J.;Pawlowski, Traci L.;Laub, Trisha;Nunn, Gary;Stephan, Dietrich A.;Homer, Nils;Huentelman, Matthew J.
通讯作者：
Huentelman, Matthew J.
影响因子：
12.3
作者：
Langmead B;Schatz MC;Lin J;Pop M;Salzberg SL
通讯作者：
Salzberg SL
影响因子：
7
作者：
Chaisson, Mark J.;Pevzner, Pavel A.
通讯作者：
Pevzner, Pavel A.
影响因子：
4.8
作者：
Sanabani, Sabri Saeed;de Souza Pastena, Evelyn Regina;Sabino, Ester Cerdeira
通讯作者：
Sabino, Ester Cerdeira
DOI：
10.1126/science.1182395
发表时间：
2010-01-22
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Harris SR;Feil EJ;Holden MT;Quail MA;Nickerson EK;Chantratita N;Gardete S;Tavares A;Day N;Lindsay JA;Edgeworth JD;de Lencastre H;Parkhill J;Peacock SJ;Bentley SD
通讯作者：
Bentley SD