The Beacon Calculus: A formal method for the flexible and concise modelling of biological systems
The Beacon Calculus: A formal method for the flexible and concise modelling of biological systems
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信标微积分：一种灵活、简洁的生物系统建模的形式化方法
DOI：
10.1101/579029
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发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Boemo M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Boemo M
生物系统由随着时间的推移改变其行为（和相互作用）并与附近其他组件协调的组件组成。再加上较大的状态空间，这种行为的复杂性使得创建易于扩展或修改的简洁数学模型变得困难。本文介绍了信标微积分，这是一种过程代数，旨在简化对相互作用的生物组件进行建模的任务。它的广度通过创建 DNA 复制动力学模型、响应 DNA 甲基化损伤的基因表达动力学模型以及多位点磷酸化开关来证明。这些模型的灵活性通过调整 DNA 复制模型进一步包括文献中感兴趣的两个主题来展示：协作起源激发和复制叉障碍。 Beacon Calculus 由开源模拟器 bcs (https://github.com/MBoemo/bcs.git) 支持，允许用户开发和模拟自己的模型。
Biological systems are made up of components that change their actions (and interactions) over time and coordinate with other components nearby. Together with a large state space, the complexity of this behaviour can make it difficult to create concise mathematical models that can be easily extended or modified. This paper introduces the Beacon Calculus, a process algebra designed to simplify the task of modelling interacting biological components. Its breadth is demonstrated by creating models of DNA replication dynamics, the gene expression dynamics in response to DNA methylation damage, and a multisite phosphorylation switch. The flexibility of these models is shown by adapting the DNA replication model to further include two topics of interest from the literature: cooperative origin firing and replication fork barriers. The Beacon Calculus is supported with the open-source simulator bcs (https://github.com/MBoemo/bcs.git) to allow users to develop and simulate their own models.
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DOI：
10.1142/9789814447362_0045
发表时间：
2000-12
影响因子：
--
作者：
A. Regev;William Silverman;E. Shapiro
通讯作者：
A. Regev;William Silverman;E. Shapiro
影响因子：
3.4
作者：
G. Clark;W. Sanders
通讯作者：
W. Sanders
复制叉暂停和重组或“给我休息一下”。
DOI：
--
发表时间：
2000
期刊：
Genes & development.
影响因子：
--
作者：
Rothstein,R;Michel,B;Gangloff,S
通讯作者：
Gangloff,S
驱动蛋白介导的长距离运输及其由 tau 蛋白引起的局部交通堵塞的动态模型。
DOI：
10.1103/physreve.95.012405
发表时间：
2017
期刊：
Physical review. E
影响因子：
--
作者：
Woochul Nam;B. Epureanu
通讯作者：
B. Epureanu
PEPA 网：结构化性能建模形式
DOI：
10.1016/s0166-5316(03)00069-5
发表时间：
2002
期刊：
Trans. Comp. Sys. Biology
影响因子：
--
作者：
S. Gilmore;J. Hillston;L. Kloul;M. Ribaudo
通讯作者：
M. Ribaudo