3'LIFE: a functional assay to detect miRNA targets in high-throughput.
3'LIFE: a functional assay to detect miRNA targets in high-throughput.
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DOI：
10.1093/nar/gku626
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发表时间：
2014
影响因子：
14.9
通讯作者：
Mangone M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wolter JM;Kotagama K;Pierre-Bez AC;Firago M;Mangone M
MicroRNAs （miRNAs）是一种短的非编码rna，主要通过靶向mrna的3 ‘非翻译区（3 ’ utr）中的退化元件，在转录后水平调控基因输出。单个mirna可以调节数百个基因的网络，但对于大多数mirna来说，已知的靶标很少，如果有的话。miRNA的错表达也是癌症进展的一个主要因素，因此迫切需要高通量地验证miRNA靶点，以了解miRNA在肿瘤发生中的作用。在这里，我们介绍了一种新的高通量检测方法来检测3'UTRs中的miRNA靶点，称为3'UTRs中功能元件的发光鉴定（3'LIFE）。我们使用275个人类3 ' utr和两个癌症相关miRNA let-7c和miR-10b的数据集证明了3'LIFE的可行性，并将我们的结果与检测整个基因组中miRNA靶点的其他方法进行了比较。我们确定了这些mirna的大量新基因靶点，只有32%的命中是生物信息学预测的，27%是由非规范相互作用指导的。靶基因的功能分析揭示了每个miRNA作为肿瘤抑制miRNA （let-7c）或致癌miRNA （miR-10b）的一致作用，并优先靶向调控网络中的多个基因，这表明3'LIFE是一种快速、灵敏的高通量检测miRNA靶点的方法。
MicroRNAs (miRNAs) are short non-coding RNAs that regulate gene output at the post-transcriptional level by targeting degenerate elements primarily in 3′untranslated regions (3′UTRs) of mRNAs. Individual miRNAs can regulate networks of hundreds of genes, yet for the majority of miRNAs few, if any, targets are known. Misexpression of miRNAs is also a major contributor to cancer progression, thus there is a critical need to validate miRNA targets in high-throughput to understand miRNAs' contribution to tumorigenesis. Here we introduce a novel high-throughput assay to detect miRNA targets in 3′UTRs, called Luminescent Identification of Functional Elements in 3′UTRs (3′LIFE). We demonstrate the feasibility of 3′LIFE using a data set of 275 human 3′UTRs and two cancer-relevant miRNAs, let-7c and miR-10b, and compare our results to alternative methods to detect miRNA targets throughout the genome. We identify a large number of novel gene targets for these miRNAs, with only 32% of hits being bioinformatically predicted and 27% directed by non-canonical interactions. Functional analysis of target genes reveals consistent roles for each miRNA as either a tumor suppressor (let-7c) or oncogenic miRNA (miR-10b), and preferentially target multiple genes within regulatory networks, suggesting 3′LIFE is a rapid and sensitive method to detect miRNA targets in high-throughput.
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