tRNAdb 2009: compilation of tRNA sequences and tRNA genes.
tRNAdb 2009: compilation of tRNA sequences and tRNA genes.
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DOI：
10.1093/nar/gkn772
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发表时间：
2009-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Pütz J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jühling F;Mörl M;Hartmann RK;Sprinzl M;Stadler PF;Pütz J
生命科学中最早专门收集的核酸序列之一是“tRNA序列和tRNA基因序列的汇编”（www.trna.uni-bayreuth.de）。在此，提供了这一汇编的最新和完全重组的版本（trnadb.bioinf.uni-leipzig.de）。新的数据库tRNAdb由莱比锡大学、马尔堡大学和斯特拉斯堡大学合作托管和维护。作为关系数据库重新实施后，tRNAdb将定期更新，并以高度灵活和方便用户的方式进行搜索。目前，它包含超过12 000个tRNA基因，根据氨基酸特异性分为家族。此外，NCBI分类树的实现方便了与查询相关的查询。该数据库提供各种服务，包括tRNA二级结构的图形表示，具有各种单独和可组合搜索标准的对齐或未对齐序列的可定制输出，以及任何选定的tRNA组的共有序列的构建。
One of the first specialized collections of nucleic acid sequences in life sciences was the ‘compilation of tRNA sequences and sequences of tRNA genes’ (http://www.trna.uni-bayreuth.de). Here, an updated and completely restructured version of this compilation is presented (http://trnadb.bioinf.uni-leipzig.de). The new database, tRNAdb, is hosted and maintained in cooperation between the universities of Leipzig, Marburg, and Strasbourg. Reimplemented as a relational database, tRNAdb will be updated periodically and is searchable in a highly flexible and user-friendly way. Currently, it contains more than 12 000 tRNA genes, classified into families according to amino acid specificity. Furthermore, the implementation of the NCBI taxonomy tree facilitates phylogeny-related queries. The database provides various services including graphical representations of tRNA secondary structures, a customizable output of aligned or un-aligned sequences with a variety of individual and combinable search criteria, as well as the construction of consensus sequences for any selected set of tRNAs.
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影响因子：
1.8
作者：
HOFACKER, IL;FONTANA, W;SCHUSTER, P
通讯作者：
SCHUSTER, P
DOI：
10.1073/pnas.85.8.2444
发表时间：
1988-04-01
影响因子：
11.1
作者：
PEARSON, WR;LIPMAN, DJ
通讯作者：
LIPMAN, DJ
影响因子：
14.9
作者：
THOMPSON, JD;HIGGINS, DG;GIBSON, TJ
通讯作者：
GIBSON, TJ
影响因子：
4.5
作者：
Putz, Joern;Dupuis, Bruno;Florentz, Catherine
通讯作者：
Florentz, Catherine
影响因子：
14.9
作者：
Rozenski, J;Crain, PF;McCloskey, JA
通讯作者：
McCloskey, JA