CellMontage: similar expression profile search server
CellMontage: similar expression profile search server
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btm462
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发表时间：
2007-11-15
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Horton, Paul
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fujibuchi, Wataru;Kiseleva, Larisa;Horton, Paul
摘要：微阵列数据库的建立和快速扩展产生了对新搜索工具的需求。在这里，我们提出了CellMontage，第一个服务器的表达谱相似性搜索超过一个大型数据库-69 000来自NCBI的微阵列实验; GEO网站。CellMontage提供了一个新的，基于内容的搜索引擎，用于访问基因表达数据。具有与用户提供的表达谱（例如微阵列实验）相似的总体表达的微阵列实验通常在20秒内计算并显示。核心搜索引擎软件可从网站下载。可用性：http://cellmontage.cbrc.jp/Contact：horton-p@aist.go. jp补充信息：
Summary: The establishment and rapid expansion of microarray databases has created a need for new search tools. Here we present CellMontage, the first server for expression profile similarity search over a large database-69 000 microarray experiments derived from NCBIs; GEO site. CellMontage provides a novel, content-based search engine for accessing gene expression data. Microarray experiments with similar overall expression to a user-provided expression profile (e.g. microarray experiment) are computed and displayedusually within 20 s. The core search engine software is downloadable from the site.Availability: http://cellmontage.cbrc.jp/Contact: horton-p@aist.go.jpSupplementary information: