GENOMEMASKER package for designing unique genomic PCR primers.
GENOMEMASKER package for designing unique genomic PCR primers.
复制标题
用于设计独特基因组PCR引物的Genomemasker软件包。
DOI：
10.1186/1471-2105-7-172
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发表时间：
2006-03-27
影响因子：
3
通讯作者：
Remm, M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Andreson, R;Reppo, E;Kaplinski, L;Remm, M
用于研究大基因组的寡核苷酸和PCR引物的设计由于序列的冗余而变得复杂。由于重复序列丰富，真核基因组特别难以研究。大多数现有的引物评价程序的速度不足以进行大规模实验。为了提高自动引物/寡核苷酸设计的效率和成功率，我们创建了一种新的方法，该方法允许快速掩蔽大序列文件中的重复序列，例如真核基因组中的重复序列。它还允许检测PCR引物的所有替代结合位点和预测PCR产物。新的方法是在一个有效的程序集，GENOMEMASKER包中实现的。该方案的性能进行了比较，与其他类似的方案。我们还修改了PRIMER 3程序，以便能够从小写字母掩蔽的序列设计引物。GENOMEMASKER软件包能够在6小时内屏蔽整个人类基因组中的非唯一引物，并在10分钟内找到10000个设计引物对的所有结合位点的位置。此外，它预测了给定引物对的大基因组的所有替代PCR产物。
The design of oligonucleotides and PCR primers for studying large genomes is complicated by the redundancy of sequences. The eukaryotic genomes are particularly difficult to study due to abundant repeats. The speed of most existing primer evaluation programs is not sufficient for large-scale experiments. In order to improve the efficiency and success rate of automatic primer/oligo design, we created a novel method which allows rapid masking of repeats in large sequence files, for example in eukaryotic genomes. It also allows the detection of all alternative binding sites of PCR primers and the prediction of PCR products. The new method was implemented in a collection of efficient programs, the GENOMEMASKER package. The performance of the programs was compared to other similar programs. We also modified the PRIMER3 program, to be able to design primers from lowercase-masked sequences. The GENOMEMASKER package is able to mask the entire human genome for non-unique primers within 6 hours and find locations of all binding sites for 10 000 designed primer pairs within 10 minutes. Additionally, it predicts all alternative PCR products from large genomes for given primer pairs.
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