Analysis tools to quantify dissemination of pathology in zebrafish larvae
Analysis tools to quantify dissemination of pathology in zebrafish larvae
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量化斑马鱼幼虫病理传播的分析工具
DOI：
10.1101/639633
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发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Stirling D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Stirling D
我们描述了新的开源软件QuantiFish，用于快速定量斑马鱼幼体中的荧光焦点，以支持在该动物模型中的感染研究。QuantiFish将细菌载量和细菌病灶数量的常规测量扩展到包括感染传播的测量。这是由疫源地之间的细菌比例及其空间分布来表示的。我们通过比较静脉和后脑感染海洋分枝杆菌的途径来展示这些措施，这些途径通过细菌负荷的测量无法区分，也不能通过细菌病灶的数量一致地区分。静脉途径显示感染的传播依赖于剂量，反映为细菌在空间上的分散性增加，细菌在许多病灶上的分布比例较低。相比之下，后脑感染导致局部疾病，限于较小的区域和较高比例的细菌分布在较少的病灶上。QuantiFish的应用可能超越感染模型，研究其他病理学，如转移性癌症。
We describe new open source software called QuantiFish for rapid quantitation of fluorescent foci in zebrafish larvae, to support infection research in this animal model. QuantiFish extends the conventional measurements of bacterial load and number of bacterial foci to include measures for dissemination of infection. These are represented by the proportions of bacteria between foci and their spatial distribution. We showcase these measures by comparison of intravenous and hindbrain routes ofMycobacterium marinuminfection, which are indistinguishable by measurement of bacterial load and not consistently differentiated by the number of bacterial foci. The intravenous route showed dose dependent dissemination of infection, reflected by increased spatial dispersion of bacteria and lower proportions of bacteria distributed across many foci. In contrast, hindbrain infection resulted in localised disease, limited to a smaller area and higher proportions of bacteria distributed across fewer foci. The application of QuantiFish may extend beyond models of infection, to study other pathologies such as metastatic cancer.
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