Visualization and quantitative analyses for mouse embryonic stem cell tracking by manipulating hierarchical data structures using time-lapse confocal microscopy images
Visualization and quantitative analyses for mouse embryonic stem cell tracking by manipulating hierarchical data structures using time-lapse confocal microscopy images
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通过使用延时共焦显微镜图像操作分层数据结构对小鼠胚胎干细胞追踪进行可视化和定量分析
DOI：
10.1109/embc46164.2021.9629490
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发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Huang Pin-Han
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yokota Hideo;Abe Kuniya;Chang Yuan-Hsiang;Cho Dooseon;Tsai Ming- Dar;Huang Pin-Han
我们提出了一种用于延时共聚焦显微镜（3D）图像的细胞跟踪方法，该方法使用动态分层数据结构来辅助细胞和菌落分割和跟踪。在分割过程中，记录每个3D图像集的细胞和菌落数量及其几何数据。在跟踪中，首先使用记录的菌落中心计算延时3D图像的相邻帧之间的菌落殖民地对应。然后，使用记录的细胞中心计算对应集落中的细胞对应性。实例表明，所提出的细胞跟踪方法可以实现对未分化但自我更新的小鼠胚胎干（mES）细胞的延时3D图像的高跟踪精度，其中细胞集落中的ES细胞的数量和移动性可能由于集落合并或分裂以及细胞增殖或死亡而突然改变。分层数据结构中的几何数据也有助于细胞形状和移动性的可视化和定量。
We present a cell tracking method for time-lapse confocal microscopy (3D) images that uses dynamic hierarchical data structures to assist cell and colony segmentation and tracking. During the segmentation, the cell and colony numbers and their geometric data are recorded for each 3D image set. In tracking, the colony correspondences between neighboring frames of time-lapse 3D images are first computed using the recorded colony centers. Then, cell correspondences in the correspondent colonies are computed using the recorded cell centers. The examples show the proposed cell tracking method can achieve high tracking accuracy for time-lapse 3D images of undifferentiated but self-renewing mouse embryonic stem (mES) cells where the number and mobility of ES cells in a cell colony may change suddenly by a colony merging or splitting, and cell proliferation or death. The geometric data in the hierarchical data structures also help the visualization and quantitation of the cell shapes and mobility.
发育生物学的合并模型和生长组织的时空动力学。
DOI：
10.1098/rsif.2016.0112
发表时间：
2016-04
期刊：
Journal of the Royal Society, Interface
影响因子：
--
作者：
Smadbeck P;Stumpf MP
通讯作者：
Stumpf MP
影响因子：
2
作者：
Yuan-Hsiang Chang;H. Yokota;K. Abe;Ming-Dar Tasi;S. Chu
通讯作者：
Yuan-Hsiang Chang;H. Yokota;K. Abe;Ming-Dar Tasi;S. Chu