Pomelo II: finding differentially expressed genes.
Pomelo II: finding differentially expressed genes.
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DOI：
10.1093/nar/gkp366
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发表时间：
2009-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Diaz-Uriarte R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Morrissey ER;Diaz-Uriarte R
Pomelo II （http://pomelo2.bioinfo.cnio.es）是一个开源的、基于网络的、免费提供的工具，用于分析基因（和蛋白质）表达和组织阵列数据。柚II实现：基于排列的类比较测试（t检验，方差分析）和回归；生存分析采用Cox模型；费雪精确检验的列联表分析；线性模型（其中t检验和方差分析是特殊情况）允许额外的协变量用于复杂的实验设计，并使用经验贝叶斯调节统计。基于排列和Cox模型分析使用并行计算，这允许利用多核cpu和计算集群的优势。获取和进一步分析额外的生物信息和注释（PubMed参考文献，基因本体术语，KEGG和Reactome通路）可用于单个基因（从表格和图中的可点击链接）或基因集。源代码是可用的，允许扩展和重用软件。一个全面的测试套件也是可用的，涵盖了用户界面和数值结果。包含额外协变量的可能性、计算的并行化、代码的开源可用性和全面的测试套件使Pomelo II成为一个独特的工具。
Pomelo II (http://pomelo2.bioinfo.cnio.es) is an open-source, web-based, freely available tool for the analysis of gene (and protein) expression and tissue array data. Pomelo II implements: permutation-based tests for class comparisons (t-test, ANOVA) and regression; survival analysis using Cox model; contingency table analysis with Fisher's exact test; linear models (of which t-test and ANOVA are especial cases) that allow additional covariates for complex experimental designs and use empirical Bayes moderated statistics. Permutation-based and Cox model analysis use parallel computing, which permits taking advantage of multicore CPUs and computing clusters. Access to, and further analysis of, additional biological information and annotations (PubMed references, Gene Ontology terms, KEGG and Reactome pathways) are available either for individual genes (from clickable links in tables and figures) or sets of genes. The source code is available, allowing for extending and reusing the software. A comprehensive test suite is also available, and covers both the user interface and the numerical results. The possibility of including additional covariates, parallelization of computation, open-source availability of the code and comprehensive testing suite make Pomelo II a unique tool.
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