Genome-to-genome analysis highlights the effect of the human innate and adaptive immune systems on the hepatitis C virus.
Genome-to-genome analysis highlights the effect of the human innate and adaptive immune systems on the hepatitis C virus.
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DOI：
10.1038/ng.3835
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发表时间：
2017-05
期刊：
影响因子：
30.8
通讯作者：
Spencer CCA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ansari MA;Pedergnana V;L C Ip C;Magri A;Von Delft A;Bonsall D;Chaturvedi N;Bartha I;Smith D;Nicholson G;McVean G;Trebes A;Piazza P;Fellay J;Cooke G;Foster GR;STOP-HCV Consortium;Hudson E;McLauchlan J;Simmonds P;Bowden R;Klenerman P;Barnes E;Spencer CCA
丙型肝炎病毒（HCV）感染和治疗的结果取决于病毒和宿主的遗传因素。我们使用人类全基因组基因分型阵列以及新的全基因组HCV病毒测序技术，对542名慢性感染HCV（主要是3型）的个体进行了系统的基因组对基因组研究。我们发现，人类白细胞抗原（HLA）等位基因和干扰素λ先天免疫系统基因都会驱动病毒基因组多态性，并且干扰素λ4（IFNL4）基因型通过一种依赖于HCV多聚蛋白中特定多态性的机制决定HCV病毒载量。我们强调了在HCV控制中先天免疫应答和病毒基因组之间的相互作用。
Outcomes of hepatitis C virus (HCV) infection and treatment depend on viral and host genetic factors. We use human genome-wide genotyping arrays and new whole-genome HCV viral sequencing technologies to perform a systematic genome-to-genome study of 542 individuals chronically infected with HCV, predominately genotype 3. We show that both HLA alleles and interferon lambda innate immune system genes drive viral genome polymorphism, and that IFNL4 genotypes determine HCV viral load through a mechanism that is dependent on a specific polymorphism in the HCV polyprotein. We highlight the interplay between innate immune responses and the viral genome in HCV control.
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