Docking Flexible Cyclic Peptides with AutoDock CrankPep.
Docking Flexible Cyclic Peptides with AutoDock CrankPep.
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DOI：
10.1021/acs.jctc.9b00557
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发表时间：
2019-10-08
影响因子：
5.5
通讯作者：
Sanner MF
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang Y;Sanner MF
虽然几乎每年都有新的治疗性环肽被批准，但对接大环化合物仍然具有挑战性。在这里，我们提出了一个新版本的肽对接软件AutoDock CrankPep（ADCP），扩展到码头肽通过其骨架和/或侧链二硫键环化。我们发现，在前10个解决方案中，ADCP识别了38个复合物数据集的71%的适当相互作用，从而使其成为合理的基于肽的药物设计的有用工具。
While a new therapeutic cyclic peptide is approved nearly every year, docking large macrocycles has remained challenging. Here, we present a new version of our peptide docking software AutoDock CrankPep (ADCP), extended to dock peptides cyclized through their backbone and/or sidechain disulfide bonds. We show that within the top 10 solutions, ADCP identifies the proper interactions for 71% of a dataset of 38 complexes, thus making it a useful tool for rational peptide-based drug design.
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影响因子：
2.9
作者：
Rayan, A;Senderowitz, H;Goldblum, A
通讯作者：
Goldblum, A
影响因子：
4.3
作者：
Alam, Nawsad;Goldstein, Oriel;Schueler-Furman, Ora
通讯作者：
Schueler-Furman, Ora
影响因子：
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作者：
Rhodes, David I.;Peat, Thomas S.;Deadman, John J.
通讯作者：
Deadman, John J.
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--
作者：
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通讯作者：
Wild, David L.
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3.7
作者：
Raveh B;London N;Zimmerman L;Schueler-Furman O
通讯作者：
Schueler-Furman O