CSTEA: a webserver for the Cell State Transition Expression Atlas.
CSTEA: a webserver for the Cell State Transition Expression Atlas.
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CSTEA：细胞状态转换表达图谱的网络服务器
DOI：
10.1093/nar/gkx402
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发表时间：
2017-07-03
影响因子：
14.9
通讯作者：
Zhao XM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhu G;Yang H;Chen X;Wu J;Zhang Y;Zhao XM
细胞状态转换是多细胞生物发育过程中的基本事件之一，细胞状态转换的轨迹是近年来研究的热点。随着大量“组学”数据的积累，深入了解细胞状态转换的分子机制成为可能。在这里，我们提出了CSTEA（细胞状态转换表达图谱），一个网络服务器，组织，分析和可视化在人类和小鼠的细胞分化，细胞重编程和转分化过程中的时程基因表达数据。特别是，CSTEA定义了细胞状态转换期间未表征阶段的基因特征，从而使实验和计算生物学家能够更好地理解哺乳动物细胞命运决定的机制。据我们所知，CSTEA是第一个致力于分析细胞状态转换期间时间序列基因表达数据的网络服务器。CSTEA可在http://comp-sysbio.org/cstea/上免费获得。
Cell state transition is one of the fundamental events in the development of multicellular organisms, and the transition trajectory path has recently attracted much attention. With the accumulation of large amounts of “-omics” data, it is becoming possible to get insights into the molecule mechanisms underlying the transitions between cell states. Here, we present CSTEA (Cell State Transition Expression Atlas), a webserver that organizes, analyzes and visualizes the time-course gene expression data during cell differentiation, cellular reprogramming and trans-differentiation in human and mouse. In particular, CSTEA defines gene signatures for uncharacterized stages during cell state transitions, thereby enabling both experimental and computational biologists to better understand the mechanisms of cell fate determination in mammals. To our best knowledge, CSTEA is the first webserver dedicated to the analysis of time-series gene expression data during cell state transitions. CSTEA is freely available at http://comp-sysbio.org/cstea/.
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