Proton pathways in a [NiFe]‐hydrogenase: A theoretical study
Proton pathways in a [NiFe]‐hydrogenase: A theoretical study
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[NiFe]-氢化酶中的质子途径：理论研究
DOI：
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发表时间：
2008
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
A. Baptista
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
V. Teixeira;C. M. Soares;A. Baptista
我们在这里提出了一个理论研究，以探讨可能的质子途径在[NiFe]-氢化酶从脱硫弧菌gigas。本研究中使用的方法包括Poisson-Boltzmann和Monte Carlo模拟的组合以及基于距离的网络分析，以找到参与质子转移的可能基团。在不同的pH值下获得的结果显示了由蛋白质内部和表面分布的合理数量的质子活性残基，在金属中心周围具有浓度。该蛋白质中的静电相互作用很强，如几个位点的滴定曲线的不寻常形状所示。一些残基对显示出强相关的质子化，表明它们之间共享并可能交换质子。PB和MC模拟与基于距离的分析的结合允许详细表征可能的质子路径。我们讨论了以前的建议，并提出了一个新的完整的途径之间的质子转移的活性位点和表面。该途径主要由组氨酸和谷氨酸残基组成。Proteins 2008.© 2007 Wiley利斯公司
We present here a theoretical study to investigate possible proton pathways in the [NiFe]‐hydrogenase from Desulfovibrio gigas. The approach used in this study consists of a combination of Poisson–Boltzmann and Monte Carlo simulations together with a distance‐based network analysis to find possible groups involved in the proton transfer. Results obtained at different pH values show a reasonable number of proton active residues distributed by the protein interior and surface, with a concentration around the metal centres. The electrostatic interactions in this protein are strong, as shown by the unusual shape of the titration curves of several sites. Some residue pairs show strongly correlated protonations, indicating the sharing and probably exchange of a proton between them. The conjugation of the PB and MC simulations with the distance‐based analysis allows a detailed characterization of the possible proton pathways. We discuss previous suggestions and propose a new complete pathway for the proton transfer between the active site and the surface. This pathway is mainly composed of histidines and glutamic acid residues. Proteins 2008. © 2007 Wiley‐Liss, Inc.
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DOI：
10.1016/j.bbapap.2006.08.007
发表时间：
2006-11
期刊：
Biochimica et biophysica acta
影响因子：
--
作者：
A. Warshel;P. K. Sharma;Mitsunori Kato;W. W. Parson-W.
通讯作者：
A. Warshel;P. K. Sharma;Mitsunori Kato;W. W. Parson-W.
氢气下产生的 Desulfovibrio gigas [NiFe] 氢化酶的氧化还原中间体。
DOI：
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发表时间：
1989
期刊：
The Journal of biological chemistry
影响因子：
--
作者：
Teixeira,M;Moura,I;Xavier,AV;Moura,JJ;LeGall,J;DerVartanian,DV;PeckJr,HD;Huynh,BH
通讯作者：
Huynh,BH
电子顺磁共振研究巨大脱硫弧菌含镍氢化酶的活化机制和催化循环。
DOI：
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发表时间：
1985
期刊：
The Journal of biological chemistry
影响因子：
--
作者：
Teixeira,M;Moura,I;Xavier,AV;Huynh,BH;DerVartanian,DV;PeckJr,HD;LeGall,J;Moura,JJ
通讯作者：
Moura,JJ
DOI：
10.1016/j.bbabio.2007.01.015
发表时间：
2007-03
期刊：
Biochimica et biophysica acta
影响因子：
--
作者：
M. Olsson;P. Siegbahn;M. Blomberg;A. Warshel
通讯作者：
M. Olsson;P. Siegbahn;M. Blomberg;A. Warshel
DOI：
10.1073/pnas.0510860103
发表时间：
2006-04-25
影响因子：
11.1
作者：
Olsson, MHM;Warshel, A
通讯作者：
Warshel, A