Separating DNA with different topologies by atomic force microscopy in comparison with gel electrophoresis.
Separating DNA with different topologies by atomic force microscopy in comparison with gel electrophoresis.
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DOI：
10.1021/jp105603k
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发表时间：
2010-09-23
影响因子：
3.3
通讯作者：
Marszalek, Piotr E.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jiang, Yong;Rabbi, Mahir;Mieczkowski, Piotr A.;Marszalek, Piotr E.
原子力显微镜通常用于 DNA 成像以获得定性结果，也可用于单分子水平的定量 DNA 研究。在这里，我们评估了 AFM 成像的性能，专门用于定量混合物中的超螺旋和松弛质粒 DNA 组分，并将结果与散装材料分析方法（凝胶电泳）进行比较。详细讨论了两种方法的优点和缺点。凝胶电泳是一种快速且成熟的定量方法。然而，它需要大量 DNA，并且需要针对稍微不同的实验条件进行仔细校准，以实现准确定量。 AFM 成像是准确的，因为可以看到并计数不同构象的单个 DNA 分子。当仔细使用并进行必要的校正时，两种方法都能提供一致的结果。因此，AFM 成像可用于 DNA 定量，作为凝胶电泳的替代方法。
Atomic force microscopy, which is normally used for DNA imaging to gain qualitative results, can also be used for quantitative DNA research, at a single-molecular level. Here, we evaluate the performance of AFM imaging specifically for quantifying supercoiled and relaxed plasmid DNA fractions within a mixture, and compare the results with the bulk material analysis method - gel electrophoresis. The advantages and shortcomings of both methods are discussed in detail. Gel electrophoresis is a quick and well established quantification method. However, it requires a large amount of DNA, and needs to be carefully calibrated for even slightly different experimental conditions for accurate quantification. AFM imaging is accurate, in that single DNA molecules in different conformations can be seen and counted. When used carefully with necessary correction, both methods provide consistent results. Thus, AFM imaging can be used for DNA quantification, as an alternative to gel electrophoresis.
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影响因子：
5.6
作者：
Bussiek, M;Tóth, K;Langowski, J
通讯作者：
Langowski, J
影响因子：
14.9
作者：
Lysetska, M;Knoll, A;Krausch, G
通讯作者：
Krausch, G
DOI：
10.1073/pnas.0604213103
发表时间：
2006-09-12
影响因子：
11.1
作者：
Mouret, Stephane;Baudouin, Caroline;Douki, Thierry
通讯作者：
Douki, Thierry
影响因子：
--
作者：
Chen, LW;Haushalter, KA;Verdine, GL
通讯作者：
Verdine, GL
影响因子：
64.8
作者：
Moreno-Herrero, F;de Jager, M;Dekker, C
通讯作者：
Dekker, C