OMTools: a software package for visualizing and processing optical mapping data.
OMTools: a software package for visualizing and processing optical mapping data.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btx317
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发表时间：
2017-09-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Chan TF
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Leung AK;Jin N;Yip KY;Chan TF
光学映射是一种分子技术，沿着DNA分子捕获荧光标记的特定模式。它已广泛应用于序列组装中的辅助支架、微生物菌株分型和结构变异的检测。已经开发了各种计算方法来分析光学测绘数据。然而，用于处理和可视化光学地图数据的现有工具仍然具有许多缺点。在这里，我们提出了OMTools，一个高效，直观的数据处理和可视化套件，以处理和探索大规模的光学测绘配置文件。OMTools包括用于可视化（OMView）、数据处理和仿真的模块。这些模块一起形成了一个可访问的和方便的管道光学映射分析。OMTools在Java 1.8中实现，并在GPL许可证下发布。OMTools可以从https://github.com/aldenleung/OMTools下载，并在任何配备Java虚拟机的标准桌面计算机上运行。 补充数据可在Bioinformatics在线获得。
Optical mapping is a molecular technique capturing specific patterns of fluorescent labels along DNA molecules. It has been widely applied in assisted-scaffolding in sequence assemblies, microbial strain typing and detection of structural variations. Various computational methods have been developed to analyze optical mapping data. However, existing tools for processing and visualizing optical map data still have many shortcomings. Here, we present OMTools, an efficient and intuitive data processing and visualization suite to handle and explore large-scale optical mapping profiles. OMTools includes modules for visualization (OMView), data processing and simulation. These modules together form an accessible and convenient pipeline for optical mapping analyses. OMTools is implemented in Java 1.8 and released under a GPL license. OMTools can be downloaded from https://github.com/aldenleung/OMTools and run on any standard desktop computer equipped with a Java virtual machine. Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
3.3
作者：
Mak AC;Lai YY;Lam ET;Kwok TP;Leung AK;Poon A;Mostovoy Y;Hastie AR;Stedman W;Anantharaman T;Andrews W;Zhou X;Pang AW;Dai H;Chu C;Lin C;Wu JJ;Li CM;Li JW;Yim AK;Chan S;Sibert J;Džakula Ž;Cao H;Yiu SM;Chan TF;Yip KY;Xiao M;Kwok PY
通讯作者：
Kwok PY
影响因子：
46.9
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
7
作者：
Skinner, Mitchell E.;Uzilov, Andrew V.;Holmes, Ian H.
通讯作者：
Holmes, Ian H.
影响因子：
9.2
作者：
Cao H;Hastie AR;Cao D;Lam ET;Sun Y;Huang H;Liu X;Lin L;Andrews W;Chan S;Huang S;Tong X;Requa M;Anantharaman T;Krogh A;Yang H;Cao H;Xu X
通讯作者：
Xu X
影响因子：
2.8
作者：
Schwan, William R.;Briska, Adam;Dykes, Colin W.
通讯作者：
Dykes, Colin W.