Robust and Efficient Constrained DFT Molecular Dynamics Approach for Biochemical Modeling.
Robust and Efficient Constrained DFT Molecular Dynamics Approach for Biochemical Modeling.
复制标题
用于生化建模的稳健且高效的约束 DFT 分子动力学方法。
DOI：
10.1021/ct200570u
复制
发表时间：
2012
影响因子：
5.5
通讯作者：
A. de la Lande
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
J. Řezáč;B. Lévy;I. Demachy;A. de la Lande
约束密度泛函理论（Constrained density functional theory，cDFT）是研究各种物理化学过程中电子动力学的有力工具。在这篇文章中，我们提出了我们最近的进展，在DFT程序deMon 2k的并行化版本的方法的实施。我们利用厄米高斯函数的线性组合来表达原子密度的可能性，以改善Hirshfeld和Voronoi变形密度电子布居方法内的cDFT积分权重的计算。该方法的效率示出的电子转移（ET）通过甘氨酸多肽的长度增加的平均电子耦合的计算。采样是基于cDFT和混合cDFT/分子力学分子动力学模拟。我们还报告了基于cDFT的模拟ET反应的量子退相干时间的第一次估计。
Constrained density functional theory (cDFT) is a powerful tool to investigate the dynamics of the electrons accompanying various physical-chemical processes. In this article we present our recent progresses in the implementation of the method in the parallelized version of the DFT program deMon2k. We take advantage of the possibility to express atomic densities in terms of linear combination of Hermite Gaussian functions to improve the computation of the cDFT integration weights within the Hirshfeld and Voronoi deformation density electronic population approaches. The efficiency of the method is illustrated on the computation of the average electronic coupling for an electron transfer (ET) through a glycine polypeptide of increasing length. The sampling is based on cDFT and hybrid cDFT/molecular mechanics molecular dynamics simulations. We also report the first estimations of quantum decoherence times from cDFT-based simulations for an ET reaction.
DOI：
10.1063/1.3507878
发表时间：
2010-12
期刊：
The Journal of chemical physics
影响因子：
--
作者：
H. Oberhofer;J. Blumberger
通讯作者：
H. Oberhofer;J. Blumberger
影响因子：
4.4
作者：
Oberhofer, Harald;Blumberger, Jochen
通讯作者：
Blumberger, Jochen