ATDB: a uni-database platform for animal toxins.
ATDB: a uni-database platform for animal toxins.
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ATDB：动物毒素统一数据库平台
DOI：
10.1093/nar/gkm832
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发表时间：
2008-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Liang, Song-Ping
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
He, Quan-Yuan;He, Quan-Ze;Deng, Xing-Can;Yao, Lei;Meng, Er;Liu, Zhong-Hua;Liang, Song-Ping
有毒动物拥有大量的毒素用于捕食和防御。这些毒素在功能、结构和进化上具有很大的多样性，因此在基础研究和应用研究中都具有重要的价值。近年来，毒素组学研究利用cDNA文库测序和蛋白质组学分析发现了大量新的毒素。虽然以前有几个小组尝试过管理这些数据，但大多数都局限于某些分类组和/或缺乏有效的数据查询和访问系统。此外，毒素的功能描述和分类相当不一致，导致数据的交换和比较存在障碍。在这里，我们报告了ATDB数据库和网站，其中包含来自UniProtKB/Swiss-Prot和TrEMBL以及相关毒素数据库的3235多种动物毒素以及已发表的文献。为了规范毒素标注，构建了一个新的本体（毒素本体），该本体在4个术语空间中包含745个不同的术语。此外，由训练有素的生物学家手动为2132种毒素分配了超过8423个TO术语。对数据库的查询可以通过一个用户友好的web界面http://protchem.hunnu.edu.cn/toxin进行。
Venomous animals possess an arsenal of toxins for predation and defense. These toxins have great diversity in function and structure as well as evolution and therefore are of value in both basic and applied research. Recently, toxinomics researches using cDNA library sequencing and proteomics profiling have revealed a large number of new toxins. Although several previous groups have attempted to manage these data, most of them are restricted to certain taxonomic groups and/or lack effective systems for data query and access. In addition, the description of the function and the classification of toxins is rather inconsistent resulting in a barrier against exchanging and comparing the data. Here, we report the ATDB database and website which contains more than 3235 animal toxins from UniProtKB/Swiss-Prot and TrEMBL and related toxin databases as well as published literature. A new ontology (Toxin Ontology) was constructed to standardize the toxin annotations, which includes 745 distinct terms within four term spaces. Furthermore, more than 8423 TO terms have been manually assigned to 2132 toxins by trained biologists. Queries to the database can be conducted via a user-friendly web interface at http://protchem.hunnu.edu.cn/toxin.
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