Two distinct regions in Staphylococcus aureus GatCAB guarantee accurate tRNA recognition.
Two distinct regions in Staphylococcus aureus GatCAB guarantee accurate tRNA recognition.
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金黄色葡萄球菌gatcab中的两个不同区域可确保准确的tRNA识别。
DOI：
10.1093/nar/gkp955
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发表时间：
2010-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Tanaka I
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Nakamura A;Sheppard K;Yamane J;Yao M;Söll D;Tanaka I
在许多原核生物中，酰胺氨酰基-tRNA、Gln-tRNAGln 和 Asn-tRNAAsn 的生物合成通过间接途径进行，其中错误的 Glu-tRNAGln 或 Asp-tRNAAsn 在 tRNA 依赖性酰胺转移酶 (AdT) 的催化下酰胺化为正确的氨酰基-tRNA。存在两种类型的 AdT：细菌、古细菌和细胞器具有异三聚体 GatCAB，而异二聚体 GatDE 只存在于古细菌中。细菌 GatCAB 和 GatDE 识别受体茎的第一个碱基对及其 tRNA 底物的 D 环，而古细菌 GatCAB 识别 tRNA 的三级核心，但不识别第一个碱基对。在这里，我们展示了全长金黄色葡萄球菌 GatCAB 的晶体结构。其 GatB 尾部结构域具有保守的富含 Lys 的基序，该基序位于 GatCAB:tRNAGln 对接模型中的可变环附近。该基序在古细菌 GatCAB 的尾部结构域中也保守，表明该基本区域可能识别 tRNA 可变环以区分古细菌中的 Asp-tRNAAsn 和 Asp-tRNAAsp。此外，我们在 GatB 中发现了一个 310 转角，它允许细菌 GatCAB 区分 U1-A72 碱基对和 G1-C72 对；古细菌 GatCAB 中缺乏该元件，使得后一种酶能够识别具有 G1-C72 碱基对的氨酰基-tRNA。
In many prokaryotes the biosynthesis of the amide aminoacyl-tRNAs, Gln-tRNAGln and Asn-tRNAAsn, proceeds by an indirect route in which mischarged Glu-tRNAGln or Asp-tRNAAsn is amidated to the correct aminoacyl-tRNA catalyzed by a tRNA-dependent amidotransferase (AdT). Two types of AdTs exist: bacteria, archaea and organelles possess heterotrimeric GatCAB, while heterodimeric GatDE occurs exclusively in archaea. Bacterial GatCAB and GatDE recognize the first base pair of the acceptor stem and the D-loop of their tRNA substrates, while archaeal GatCAB recognizes the tertiary core of the tRNA, but not the first base pair. Here, we present the crystal structure of the full-length Staphylococcus aureus GatCAB. Its GatB tail domain possesses a conserved Lys rich motif that is situated close to the variable loop in a GatCAB:tRNAGln docking model. This motif is also conserved in the tail domain of archaeal GatCAB, suggesting this basic region may recognize the tRNA variable loop to discriminate Asp-tRNAAsn from Asp-tRNAAsp in archaea. Furthermore, we identified a 310 turn in GatB that permits the bacterial GatCAB to distinguish a U1–A72 base pair from a G1–C72 pair; the absence of this element in archaeal GatCAB enables the latter enzyme to recognize aminoacyl-tRNAs with G1–C72 base pairs.
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DOI：
10.1107/s0907444904019158
发表时间：
2004-12-01
影响因子：
2.2
作者：
Emsley, P;Cowtan, K
通讯作者：
Cowtan, K
影响因子：
6.1
作者：
Konarev, PV;Volkov, VV;Svergun, DI
通讯作者：
Svergun, DI
影响因子：
5.7
作者：
Boczkowska, Malgorzata;Rebowski, Grzegorz;Dominguez, Roberto
通讯作者：
Dominguez, Roberto
影响因子：
3.2
作者：
LAPOINTE, J;DUPLAIN, L;PROULX, M
通讯作者：
PROULX, M
影响因子：
56.9
作者：
Oshikane, Hiroyuki;Sheppard, Kelly;Nureki, Osamu
通讯作者：
Nureki, Osamu