GATB: Genome Assembly & Analysis Tool Box.
GATB: Genome Assembly & Analysis Tool Box.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu406
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发表时间：
2014-10-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Lavenier D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Drezen E;Rizk G;Chikhi R;Deltel C;Lemaitre C;Peterlongo P;Lavenier D
动机：高效快速的下一代测序（NGS）算法对于分析NGS机器生成的TB级数据至关重要。一个严重的瓶颈可能是这种算法的设计，因为它们需要复杂的数据结构和先进的硬件实现。结果：我们提出了一个致力于基因组组装和分析的开源库，以加快开发高效软件的过程。该库基于最近优化的de-Bruijn图实现，允许在台式计算机上使用快速算法以低内存占用处理复杂的基因组。可用性和实现：GATB库是用C++编写的，可以在以下网站上获得：http://gatb.inria.fr，并遵循A-GPL许可证。联系方式：lavenier@irisa.fr补充信息：补充数据可在生物信息学在线获得。
Motivation: Efficient and fast next-generation sequencing (NGS) algorithms are essential to analyze the terabytes of data generated by the NGS machines. A serious bottleneck can be the design of such algorithms, as they require sophisticated data structures and advanced hardware implementation. Results: We propose an open-source library dedicated to genome assembly and analysis to fasten the process of developing efficient software. The library is based on a recent optimized de-Bruijn graph implementation allowing complex genomes to be processed on desktop computers using fast algorithms with low memory footprints. Availability and implementation: The GATB library is written in C++ and is available at the following Web site http://gatb.inria.fr under the A-GPL license. Contact: lavenier@irisa.fr Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
5.8
作者：
Markovits, Alexei Nordell;Beauparlant, Charles Joly;Gevry, Nicolas
通讯作者：
Gevry, Nicolas
影响因子：
12.3
作者：
Philippe, Nicolas;Salson, Mikael;Rivals, Eric
通讯作者：
Rivals, Eric
影响因子：
1.7
作者：
Bankevich, Anton;Nurk, Sergey;Pevzner, Pavel A.
通讯作者：
Pevzner, Pavel A.
DOI：
10.1093/bioinformatics/btq485
发表时间：
2010-10-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Rizk G;Lavenier D
通讯作者：
Lavenier D
影响因子：
5.8
作者：
Liu, Yongchao;Schmidt, Bertil;Maskell, Douglas L.
通讯作者：
Maskell, Douglas L.