Blind testing of routine, fully automated determination of protein structures from NMR data.
Blind testing of routine, fully automated determination of protein structures from NMR data.
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DOI：
10.1016/j.str.2012.01.002
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发表时间：
2012-02-08
期刊：
影响因子：
5.7
通讯作者：
Bonvin, Alexandre M. J. J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rosato, Antonio;Aramini, James M.;Arrowsmith, Cheryl;Bagaria, Anurag;Baker, David;Cavalli, Andrea;Doreleijers, Jurgen F.;Eletsky, Alexander;Giachetti, Andrea;Guerry, Paul;Gutmanas, Aleksandras;Guentert, Peter;He, Yunfen;Herrmann, Torsten;Huang, Yuanpeng J.;Jaravine, Victor;Jonker, Hendrik R. A.;Kennedy, Michael A.;Lange, Oliver F.;Liu, Gaohua;Malliavin, Therese E.;Mani, Rajeswari;Mao, Binchen;Montelione, Gaetano T.;Nilges, Michael;Rossi, Paolo;van der Schot, Gijs;Schwalbe, Harald;Szyperski, Thomas A.;Vendruscolo, Michele;Vernon, Robert;Vranken, Wim F.;de Vries, Sjoerd;Vuister, Geerten W.;Wu, Bin;Yang, Yunhuang;Bonvin, Alexandre M. J. J.
目前用于通过NMR确定蛋白质结构的协议依赖于确定大量的质子-质子对的距离上限。通常，这项任务是由有经验的研究人员手动执行，而不是使用特定的计算机程序自动执行。为了评估是否确实可以以全自动方式生成足以沉积在蛋白质数据库中的NMR结构，我们收集了十个实验数据集，其中包含未知结构的各种蛋白质的未分配NOESY峰列表，使用不同的全自动程序计算它们中的每一个的结构，并将结果相互比较，并与提供数据时不可用的手动解析的参考结构进行比较。这是一个严格的“盲”评估，类似于CASP和卡普里倡议。这项研究证明了常规的，全自动的蛋白质结构测定的可行性NMR。
The protocols currently used for protein structure determination by NMR depend on the determination of a large number of upper distance limits for proton-proton pairs. Typically, this task is performed manually by an experienced researcher rather than automatically by using a specific computer program. To assess whether it is indeed possible to generate in a fully automated manner NMR structures adequate for deposition in the Protein Data Bank, we gathered ten experimental datasets with unassigned NOESY peak lists for various proteins of unknown structure, computed structures for each of them using different, fully automatic programs, and compared the results to each other and to the manually solved reference structures that were not available at the time the data were provided. This constitutes a stringent “blind” assessment similar to the CASP and CAPRI initiatives. This study demonstrates the feasibility of routine, fully automated protein structure determination by NMR.
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DOI：
10.1007/s10969-010-9084-9
发表时间：
2010-03
期刊：
Journal of structural and functional genomics
影响因子：
--
作者：
Bonvin, Alexandre M J J;Rosato, Antonio;Wassenaar, Tsjerk A
通讯作者：
Wassenaar, Tsjerk A
影响因子：
2.9
作者：
Huang, YJ;Tejero, R;Montelione, GT
通讯作者：
Montelione, GT
DOI：
10.1073/pnas.0610313104
发表时间：
2007-06-05
影响因子：
11.1
作者：
Cavalli, Andrea;Salvatella, Xavier;Vendruscolo, Michele
通讯作者：
Vendruscolo, Michele
影响因子：
2.7
作者：
Folmer, RHA;Hilbers, CW;Nilges, M
通讯作者：
Nilges, M
影响因子：
4.3
作者：
Markwick PR;Malliavin T;Nilges M
通讯作者：
Nilges M