Towards Consistency in Geometry Restraints for Carbohydrates in the Pyranose form: Modern Dictionary Generators Reviewed.
Towards Consistency in Geometry Restraints for Carbohydrates in the Pyranose form: Modern Dictionary Generators Reviewed.
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DOI：
10.2174/0929867328666210902140754
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发表时间：
2022
影响因子：
4.1
通讯作者：
Agirre J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Joosten RP;Nicholls RA;Agirre J
大分子约束精化是目前提高原子结构模型与实验数据一致性的最常用的方法。约束字典是该方法成功背后的关键工具，它允许微调几何属性，如原子之间的距离和角度，超出了简单的预期。字典生成器可以提供来自不同来源的约束目标估计，从完全理论到实验以及两者之间的任何组合。碳水化合物是立体化学上复杂的生物分子，并且在其吡喃糖形式下具有明确的构象偏好。因此，它们给词典生成器带来了独特的问题，并且在本研究过程中，需要软件开发人员特别关注。将讨论约束发生器之间的功能差异，以及使用不同软件设计实现一致结果的过程。该研究将得出一套实际考虑因素，以及建议的一代新的约束字典，使用改进的软件替代品讨论。
Macromolecular restrained refinement is nowadays the most used method for improving the agreement between an atomic structural model and experimental data. Restraint dictionaries, a key tool behind the success of the method, allow fine-tuning geometric properties such as distances and angles between atoms beyond simplistic expectations. Dictionary generators can provide restraint target estimates derived from different sources, from fully theoretical to experimental and any combination in between. Carbohydrates are stereochemically complex biomolecules and, in their pyranose form, have clear conformational preferences. As such, they pose unique problems to dictionary generators and in the course of this study, require special attention from software developers. Functional differences between restraint generators will be discussed, as well as the process of achieving consistent results with different software designs. The study will conclude a set of practical considerations, as well as recommendations for the generation of new restraint dictionaries, using the improved software alternatives discussed.
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DOI：
10.1107/s2059798317003382
发表时间：
2017-03-01
期刊：
Acta crystallographica. Section D, Structural biology
影响因子：
--
作者：
Emsley P
通讯作者：
Emsley P
影响因子：
14.9
作者：
wwPDB consortium
通讯作者：
wwPDB consortium
影响因子：
15
作者：
CREMER, D;POPLE, JA
通讯作者：
POPLE, JA
DOI：
10.1021/ci049780b
发表时间：
2004-11-01
期刊：
JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND COMPUTER SCIENCES
影响因子：
--
作者：
Bruno, IJ;Cole, JC;Orpen, AG
通讯作者：
Orpen, AG
影响因子：
5.7
作者：
Cifuente, Javier O.;Comino, Natalia;Guerin, Marcelo E.
通讯作者：
Guerin, Marcelo E.