dN/dS dynamics quantify tumour immunogenicity and predict response to immunotherapy
dN/dS dynamics quantify tumour immunogenicity and predict response to immunotherapy
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dN/dS 动力学量化肿瘤免疫原性并预测对免疫治疗的反应
DOI：
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发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
A. Sottoriva
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
L. Zapata;G. Caravagna;Marc J. Williams;E. Lakatos;K. AbdulJabbar;B. Werner;T. Graham;A. Sottoriva
免疫编辑是癌症进化过程中的主要力量，它选择低免疫原性（适应）的克隆，或具有免疫逃避（逃避）机制的克隆。然而，量化癌症基因组中的免疫原性以及肿瘤免疫协同进化动力学如何影响患者预后仍未得到探索。在这里，我们发现免疫肽穹窿中非同义与同义突变（dN/dS）的比例量化了肿瘤的免疫原性，并区分了适应和逃避。我们分析了来自TCGA的8,543个原发肿瘤，并验证了免疫dN/dS作为免疫适应性肿瘤中与免疫浸润相关的选择指标。在308名接受免疫治疗的转移性患者队列中，无应答者的治疗前病变显示出免疫选择增加（dN/dS<1），而应答者则没有，相反，遗传逃避机制的比例更高。最终，这些发现强调了进化基因组测量预测免疫治疗临床反应的潜力。
Immunoediting is a major force during cancer evolution that selects for clones with low immunogenicity (adaptation), or clones with mechanisms of immune evasion (escape). However, quantifying immunogenicity in the cancer genome and how the tumour-immune coevolutionary dynamics impact patient outcomes remain unexplored. Here we show that the ratio of nonsynonymous to synonymous mutations (dN/dS) in the immunopeptidome quantifies tumor immunogenicity and differentiates between adaptation and escape. We analysed 8,543 primary tumors from TCGA and validated immune dN/dS as a measure of selection associated with immune infiltration in immune-adapted tumours. In a cohort of 308 metastatic patients that received immunotherapy, pre-treatment lesions in non-responders showed increased immune selection (dN/dS<1), whereas responders did not and instead harboured a higher proportion of genetic escape mechanisms. Ultimately, these findings highlight the potential of evolutionary genomic measures to predict clinical response to immunotherapy.
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影响因子：
22.7
作者：
Ghorani, Ehsan;Reading, James L.;Quezada, Sergio A.
通讯作者：
Quezada, Sergio A.
DOI：
10.1016/j.bbcan.2017.01.003
发表时间：
2017-04
期刊：
Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer
影响因子：
--
作者：
Davis A;Gao R;Navin N
通讯作者：
Navin N
影响因子：
82.9
作者：
Chowell D;Krishna C;Pierini F;Makarov V;Rizvi NA;Kuo F;Morris LGT;Riaz N;Lenz TL;Chan TA
通讯作者：
Chan TA
肿瘤中的PD-1封锁不匹配缺陷。
DOI：
10.1056/nejmoa1500596
发表时间：
2015-06-25
期刊：
The New England journal of medicine
影响因子：
--
作者：
Le DT;Uram JN;Wang H;Bartlett BR;Kemberling H;Eyring AD;Skora AD;Luber BS;Azad NS;Laheru D;Biedrzycki B;Donehower RC;Zaheer A;Fisher GA;Crocenzi TS;Lee JJ;Duffy SM;Goldberg RM;de la Chapelle A;Koshiji M;Bhaijee F;Huebner T;Hruban RH;Wood LD;Cuka N;Pardoll DM;Papadopoulos N;Kinzler KW;Zhou S;Cornish TC;Taube JM;Anders RA;Eshleman JR;Vogelstein B;Diaz LA Jr
通讯作者：
Diaz LA Jr
基于模型的肿瘤亚克隆重建
DOI：
10.1101/586560
发表时间：
2019
期刊：
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影响因子：
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作者：
Caravagna G
通讯作者：
Caravagna G