Landscape of Long Noncoding RNAs in Psoriatic and Healthy Skin.
Landscape of Long Noncoding RNAs in Psoriatic and Healthy Skin.
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DOI：
10.1016/j.jid.2015.12.009
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发表时间：
2016-03
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Liao W
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gupta R;Ahn R;Lai K;Mullins E;Debbaneh M;Dimon M;Arron S;Liao W
在这里，我们使用RNA测序来研究和表征阿达木单抗治疗前（PP）和治疗后（PT）银屑病患者皮损皮肤和健康个体正常皮肤（NN）中的长非编码RNA（lncRNA）转录组。为此，我们对18名银屑病患者和16名健康对照的总RNA进行了测序。我们合并了三个长的非编码RNA参考数据集，以创建67，157个lncRNA转录物的单一组合参考，没有重叠。我们鉴定了PP和NN之间的971个lncRNA差异表达，PP和PT之间的157个，PT和NN之间的377个。使用PP和NN之间的差异表达（DE）lncRNA，我们鉴定了区分银屑病皮肤与健康皮肤的分子lncRNA特征。此外，我们进行了无监督的层次分析，揭示了不同的聚类PP样本NN。编码非编码（CNC）网络分析揭示了高度相关的lncRNA和蛋白质编码转录物的大型网络，其提供了对未注释的lncRNA的潜在功能的深入了解。据我们所知，这是第一个研究，描述了多聚腺苷酸化以及非多聚腺苷酸化的lncRNA转录在银屑病。我们的研究结果强调了lncRNA在银屑病生物学和治疗反应中的潜在重要性。
Here, we used RNA-sequencing to study and characterize the long non-coding RNA (lncRNA) transcriptome in lesional skin from psoriasis patients before (PP) and after treatment (PT) with adalimumab and in normal skin from healthy individuals (NN). To this end we sequenced total RNA from 18 psoriasis patients and 16 healthy controls. We merged three long non-coding RNA reference data sets to create a single combined reference of 67,157 lncRNA transcripts with no overlaps. We identified differential expression of 971 lncRNAs between PP and NN, 157 between PP and PT, and 377 between PT and NN. Using differentially expressed (DE) lncRNAs between PP and NN, we identified a molecular lncRNA signature that distinguishes psoriatic skin from healthy skin. Furthermore, we performed an unsupervised hierarchical analysis that revealed distinct clustering of PP samples from NN. A coding non-coding (CNC) network analysis revealed a large network of highly correlated lncRNA and protein coding transcripts that provided insight into the potential functions of un-annotated lncRNAs. To our knowledge, this is the first study that describes both polyadenylated as well as non-polyadenylated lncRNA transcripts in psoriasis. Our findings highlight the potential importance of lncRNAs in the biology of psoriasis and response to treatment.
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