WATsite: hydration site prediction program with PyMOL interface.
WATsite: hydration site prediction program with PyMOL interface.
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Watsite：带有Pymol界面的水合站点预测计划。
DOI：
10.1002/jcc.23616
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发表时间：
2014-06-15
影响因子：
3
通讯作者：
Lill, Markus A.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hu, Bingjie;Lill, Markus A.
介导蛋白质-配体相互作用的水分子或从配体结合部位释放出来的水分子可以通过热能和熵来贡献配基结合的自由能。为了阐明单个水分子的热力学分布及其对配体结合的潜在贡献，开发了一个水化中心分析程序WATSITE，并基于PYMOL开发了一个易于使用的图形用户界面。WATSITE通过分子动力学模拟轨迹与显式水分子识别水合位置。在整个模拟过程中，通过计算占据水化中心的水分子的焓和熵来估算每个水化中心的自由能分布。水化部位分析的结果可以在PYMOL中显示。WATSITE的一个关键特征是它能够估计任何用户指定的配体的蛋白质去溶自由能。WATSITE程序及其PYMOL插件可从http://people.pnhs.purdue.edu/~mlill/software.免费获得
Water molecules that mediate protein–ligand interactions or are released from the binding site on ligand binding can contribute both enthalpically and entropically to the free energy of ligand binding. To elucidate the thermodynamic profile of individual water molecules and their potential contribution to ligand binding, a hydration site analysis program WATsite was developed together with an easy-to-use graphical user interface based on PyMOL. WATsite identifies hydration sites from a molecular dynamics simulation trajectory with explicit water molecules. The free energy profile of each hydration site is estimated by computing the enthalpy and entropy of the water molecule occupying a hydration site throughout the simulation. The results of the hydration site analysis can be displayed in PyMOL. A key feature of WATsite is that it is able to estimate the protein desolvation free energy for any user specified ligand. The WATsite program and its PyMOL plugin are available free of charge from http://people.pnhs.purdue.edu/~mlill/software.
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影响因子：
15
作者：
Abel, Robert;Young, Tom;Friesner, Richard A.
通讯作者：
Friesner, Richard A.
影响因子：
14.9
作者：
DePaul AJ;Thompson EJ;Patel SS;Haldeman K;Sorin EJ
通讯作者：
Sorin EJ
影响因子：
3
作者：
Henchman, RH;McCammon, JA
通讯作者：
McCammon, JA
DOI：
10.1093/protein/11.1.11
发表时间：
1998-01-01
期刊：
PROTEIN ENGINEERING
影响因子：
--
作者：
Ehrlich, L;Reczko, M;Wade, RC
通讯作者：
Wade, RC
影响因子：
3
作者：
PITT, WR;MURRAYRUST, J;GOODFELLOW, JM
通讯作者：
GOODFELLOW, JM