Preparation of mouse pancreatic tumor for single-cell RNA sequencing and analysis of the data.
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DOI：
10.1016/j.xpro.2021.100989
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发表时间：
2021-12-17
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Astsaturov I
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Surumbayeva A;Kotliar M;Gabitova-Cornell L;Kartashov A;Peri S;Salomonis N;Barski A;Astsaturov I
从原发性肿瘤组织制备单细胞悬液可以为功能、遗传、蛋白质组学和肿瘤微环境研究提供有价值的资源。在这里，我们描述了一个有效的协议，小鼠胰腺肿瘤的解离与进一步处理的肿瘤悬浮液的单细胞RNA测序分析的细胞群体。我们进一步提供了数据的生物信息学处理和使用用户友好的科学数据分析平台（https：//www.example.com）中的通用工作流语言（CWL）管道对包含胰腺肿瘤的异质细胞群体进行聚类的概述。SciDAP.com有关本方案使用和执行的完整详细信息，请参阅。胰腺肿瘤单细胞悬液的分离高质量单细胞RNA文库生成的分步指导用于下游过程的在线信息学管道SciDAP SciDAP使用开源管道获得可重复的结果从原发性肿瘤组织制备单细胞悬液可以为功能、遗传、蛋白质组学和肿瘤微环境研究提供宝贵的资源。在这里，我们描述了一个有效的协议，小鼠胰腺肿瘤的解离与进一步处理的肿瘤悬浮液的单细胞RNA测序分析的细胞群体。我们进一步提供了数据的生物信息学处理和使用用户友好的科学数据分析平台（https：//www.example.com）中的通用工作流语言（CWL）管道对包含胰腺肿瘤的异质细胞群体进行聚类的概述。SciDAP.com
Preparation of single-cell suspension from primary tumor tissue can provide a valuable resource for functional, genetic, proteomic, and tumor microenvironment studies. Here, we describe an effective protocol for mouse pancreatic tumor dissociation with further processing of tumor suspension for single-cell RNA sequencing analysis of cellular populations. We further provide an outline of the bioinformatics processing of the data and clustering of heterogeneous cellular populations comprising pancreatic tumors using Common Workflow Language (CWL) pipelines within user-friendly Scientific Data Analysis Platform (https://SciDAP.com). For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to. Isolation of single-cell suspension from pancreatic tumor Step-by-step guidance to the generation of quality single-cell RNA libraries An online informatics pipeline SciDAP for downstream processes SciDAP uses open source pipelines to obtain reproducible results Preparation of single-cell suspension from primary tumor tissue can provide a valuable resource for functional, genetic, proteomic, and tumor microenvironment studies. Here, we describe an effective protocol for mouse pancreatic tumor dissociation with further processing of tumor suspension for single-cell RNA sequencing analysis of cellular populations. We further provide an outline of the bioinformatics processing of the data and clustering of heterogeneous cellular populations comprising pancreatic tumors using Common Workflow Language (CWL) pipelines within user-friendly Scientific Data Analysis Platform (https://SciDAP.com).
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通讯作者：
Cukierman E