Differential chromatin profiles partially determine transcription factor binding.
Differential chromatin profiles partially determine transcription factor binding.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0179411
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发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Gifford DK
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen R;Gifford DK
我们描述了改变染色质可及性的基因组变体如何影响调控因子结合，这种新方法称为DeltaBind，它比基于DNase-seq数据的其他方法更准确地预测条件特异性因子结合。使用DeltaBind和DNase-seq实验，我们预测了K562和GM 12878细胞中18个因子的差异结合，在10%的召回率下平均精度为28%，单个因子的预测精度范围为5%至65%。我们进一步发现，改变染色质可及性的基因组变异不一定预示改变近端因子结合。总之，这些发现表明，DNase-seq或ATAC-seq数量性状基因座（dsQTL），虽然重要，必须考虑在更广泛的背景下，以建立表型变化的因果关系。
We characterize how genomic variants that alter chromatin accessibility influence regulatory factor binding with a new method called DeltaBind that predicts condition specific factor binding more accurately than other methods based on DNase-seq data. Using DeltaBind and DNase-seq experiments we predicted the differential binding of 18 factors in K562 and GM12878 cells with an average precision of 28% at 10% recall, with the prediction of individual factors ranging from 5% to 65% precision. We further found that genome variants that alter chromatin accessibility are not necessarily predictive of altering proximal factor binding. Taken together these findings suggest that DNase-seq or ATAC-seq Quantitative Trait Loci (dsQTLs), while important, must be considered in a broader context to establish causality for phenotypic changes.
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--
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