Challenges in protein folding simulations: Timescale, representation, and analysis.
Challenges in protein folding simulations: Timescale, representation, and analysis.
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DOI：
10.1038/nphys1713
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发表时间：
2010-10-01
期刊：
影响因子：
19.6
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
蛋白质折叠过程的实验研究经常受到以下事实的阻碍：只有低分辨率的结构数据才能获得足够的时间分辨率。分子动力学模拟提供了一种补充方法，提供了关于折叠过程的极高分辨率的空间和时间数据。目前，分子动力学力场再现蛋白质真实势能面的能力持续存在的问题，以及在获得足够的样本以对折叠机制进行有意义的评论方面的持续困难，阻碍了此类模拟的有效性。我们回顾了蛋白质折叠的三个常见模型系统的模拟的最新进展，并讨论了最近的技术和理论的进步如何使蛋白质折叠模拟能够克服它们目前的缺点。
Experimental studies of protein folding processes are frequently hampered by the fact that only low resolution structural data can be obtained with sufficient temporal resolution. Molecular dynamics simulations offer a complementary approach, providing extremely high resolution spatial and temporal data on folding processes. The effectiveness of such simulations is currently hampered by continuing questions regarding the ability of molecular dynamics force fields to reproduce the true potential energy surfaces of proteins, and ongoing difficulties with obtaining sufficient sampling to meaningfully comment on folding mechanisms. We review recent progress in the simulation of three common model systems for protein folding, and discuss how recent advances in technology and theory are allowing protein folding simulations to address their current shortcomings.
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影响因子：
2.9
作者：
Das, Rhiju;Bin Qian;Baker, David
通讯作者：
Baker, David
影响因子：
3.4
作者：
Best, Robert B.;Buchete, Nicolae-Viorel;Hummer, Gerhard
通讯作者：
Hummer, Gerhard
DOI：
10.1073/pnas.0408098102
发表时间：
2005-05-10
影响因子：
11.1
作者：
Best, RB;Hummer, G
通讯作者：
Hummer, G
影响因子：
1.3
作者：
Eastwood, MP;Hardin, C;Wolynes, PG
通讯作者：
Wolynes, PG
影响因子：
3
作者：
Cieplak, P;Caldwell, J;Kollman, P
通讯作者：
Kollman, P