Drift time-specific collision energies enable deep-coverage data-independent acquisition proteomics
Drift time-specific collision energies enable deep-coverage data-independent acquisition proteomics
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DOI：
10.1038/nmeth.2767
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发表时间：
2014-02-01
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Tenzer, Stefan
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Distler, Ute;Kuharev, Joerg;Tenzer, Stefan
我们提出了一种数据独立的采集质谱方法，超定义（UD）MSE。该方法利用离子迁移率漂移时间特异性碰撞能量分布，以增强当前MSE和高清晰度（HD）MSE数据独立采集技术的前体碎裂效率。与先前的MSE实现相比，UDMSE提供了HeLa细胞蛋白质组的高再现性和显著改善的蛋白质组覆盖率，并且它还优于最先进的数据依赖性采集工作流程。此外，我们报告了一个软件工具，ISOQuant，用于处理无标签的定量UDMSE数据。
We present a data-independent acquisition mass spectrometry method, ultradefinition (UD) MSE. This approach utilizes ion mobility drift time-specific collision-energy profiles to enhance precursor fragmentation efficiency over current MSE and high-definition (HD) MSE data-independent acquisition techniques. UDMSE provided high reproducibility and substantially improved proteome coverage of the HeLa cell proteome compared to previous implementations of MSE, and it also outperformed a state-of-the-art data-dependent acquisition workflow. Additionally, we report a software tool, ISOQuant, for processing label-free quantitative UDMSE data.