BIOINFORMATICS APPLICATIONS
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期刊：
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通讯作者：
R. She;J. S. Chu;B. Uyar;Jun Wang;Ke Wang;Nansheng Chen
中科院分区：
文献类型：
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作者：
R. She;J. S. Chu;B. Uyar;Jun Wang;Ke Wang;Nansheng Chen
动机：BLAST用户经常期望获得与他们的查询基因具有一定相似性的同源基因。但是他们从BLAST搜索中得到的通常是被称为高分片段对（HSP）的局部比对的集合。另一方面，大多数基于同源性的基因搜索器都是使用计算密集型算法构建的，没有充分利用过去几十年来已经完善的BLAST搜索。结果：在这里，我们报告了一个有效的算法，genBlastG，它直接使用BLAST报告的HSP来定义高质量的基因模型。
Motivation: BLAST users frequently expect to obtain homologous genes with certain similarity to their query genes. But what they get from BLAST searches are often collections of local alignments called high-scoring segment pairs (HSPs). On the other hand, most homology-based gene finders have been built using computation-intensive algorithms, without taking full advantage of BLAST searches that have been perfected over the last decades. Results: Here we report an efficient algorithm, genBlastG that directly uses the HSPs reported by BLAST to define high-quality gene models.