Symmetry-restrained flexible fitting for symmetric EM maps.
Symmetry-restrained flexible fitting for symmetric EM maps.
复制标题
对称性EM图的对称弹性柔性拟合。
DOI：
10.1016/j.str.2011.07.017
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发表时间：
2011-09-07
期刊：
影响因子：
5.7
通讯作者：
Schulten, Klaus
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chan, Kwok-Yan;Gumbart, James;McGreevy, Ryan;Watermeyer, Jean M.;Sewell, B. Trevor;Schulten, Klaus
许多生物大分子具有固有的结构对称性，由几个不同的亚基组成，在对称的阵列中重复。这些络合物通常不适用于传统的高分辨率结构测定方法，但可以使用冷冻电子显微镜(Cryo-EM)在功能相关的状态下进行成像。已经发展了许多将原子级结构拟合到低温EM图中的方法，包括分子动力学柔性拟合(MDFF)方法。然而，低温电磁图的质量和分辨率是一种方法成功的主要决定因素。为了将结构对称性知识融入到拟合过程中，我们发展了对称性约束的MDFF方法。这种新的方法增加了低温EM图推导出的势能，在拟合过程中进一步限制了络合物的允许构象，从而提高了结果结构的质量。在三个不同的系统中演示了在拟合过程中使用基于对称性的约束的好处，特别是对于中低分辨率的数据。
Many large biological macromolecules have inherent structural symmetry, being composed of a few distinct subunits, repeated in a symmetric array. These complexes are often not amenable to traditional high-resolution structural determination methods, but can be imaged in functionally relevant states using cryo-electron microscopy (cryo-EM). A number of methods for fitting atomic-scale structures into cryo-EM maps have been developed, including the molecular dynamics flexible fitting (MDFF) method. However, quality and resolution of the cryo-EM map are the major determinants of a method’s success. In order to incorporate knowledge of structural symmetry into the fitting procedure, we developed the symmetry-restrained MDFF method. The new method adds to the cryo-EM map-derived potential further restraints on the allowed conformations of a complex during fitting, thereby improving the quality of the resultant structure. The benefit of using symmetry-based restraints during fitting, particularly for medium to low-resolution data, is demonstrated for three different systems.
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影响因子：
56.9
作者：
Doyle, DA;Cabral, JM;MacKinnon, R
通讯作者：
MacKinnon, R
影响因子：
4.8
作者：
Pereira, Jose H.;Ralston, Corie Y.;Adams, Paul D.
通讯作者：
Adams, Paul D.
DOI：
10.1073/pnas.0402525101
发表时间：
2004-05-25
影响因子：
11.1
作者：
Hoang, TX;Trovato, A;Maritan, A
通讯作者：
Maritan, A
影响因子：
5.7
作者：
Schroeder, Gunnar F.;Brunger, Axel T.;Levitt, Michael
通讯作者：
Levitt, Michael
影响因子：
56.9
作者：
FRAUENFELDER, H;SLIGAR, SG;WOLYNES, PG
通讯作者：
WOLYNES, PG