Prediction of CsrA-regulating small RNAs in bacteria and their experimental verification in Vibrio fischeri.
Prediction of CsrA-regulating small RNAs in bacteria and their experimental verification in Vibrio fischeri.
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DOI：
10.1093/nar/gkl439
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发表时间：
2006
影响因子：
14.9
通讯作者：
Kulkarni RV
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kulkarni PR;Cui X;Williams JW;Stevens AM;Kulkarni RV
最近的几项研究强调了小 RNA 作为全球调控网络关键组成部分的作用。一类重要的小RNA以大肠杆菌的CsrB和CsrC为代表，它们控制全局调节因子CsrA的活性。鉴于 CsrA 在多种细菌物种中发挥的关键作用，一个重要的问题是鉴定 CsrA 调节小 RNA。在本文中，我们开发了一个计算机程序（CSRNA_FIND），旨在定位细菌中潜在的 CsrA 调节小 RNA。使用 CSRNA_FIND 搜索具有 CsrA 同源物的细菌基因组，我们鉴定了所有实验上已知的 CsrA 调节小 RNA，并对几种新型小 RNA 进行了预测。我们通过实验验证了我们对费氏弧菌中两种 CsrA 调节小 RNA 的预测。随着越来越多的基因组被测序，CSRNA_FIND 可用于定位调节 CsrA 同源物的相应小 RNA。因此，这项工作为了解细菌中小 RNA 调节 CsrA 的模式开辟了多种研究途径。
The role of small RNAs as critical components of global regulatory networks has been highlighted by several recent studies. An important class of such small RNAs is represented by CsrB and CsrC of Escherichia coli, which control the activity of the global regulator CsrA. Given the critical role played by CsrA in several bacterial species, an important problem is the identification of CsrA-regulating small RNAs. In this paper, we develop a computer program (CSRNA_FIND) designed to locate potential CsrA-regulating small RNAs in bacteria. Using CSRNA_FIND to search the genomes of bacteria having homologs of CsrA, we identify all the experimentally known CsrA-regulating small RNAs and also make predictions for several novel small RNAs. We have verified experimentally our predictions for two CsrA-regulating small RNAs in Vibrio fischeri. As more genomes are sequenced, CSRNA_FIND can be used to locate the corresponding small RNAs that regulate CsrA homologs. This work thus opens up several avenues of research in understanding the mode of CsrA regulation through small RNAs in bacteria.
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