Hotspot-centric de novo design of protein binders.
Hotspot-centric de novo design of protein binders.
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DOI：
10.1016/j.jmb.2011.09.001
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发表时间：
2011-11-11
影响因子：
5.6
通讯作者：
Baker, David
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fleishman, Sarel J.;Corn, Jacob E.;Strauch, Eva-Maria;Whitehead, Timothy A.;Karanicolas, John;Baker, David
关键词：
蛋白质-蛋白质相互作用在生物学中起着至关重要的作用，相互作用的计算设计在一系列应用中可能是有用的。我们详细描述了一种通用的方法从头设计的蛋白质相互作用的基础上计算，大力优化的相互作用热点，这是最近被用来生产高亲和力的流感血凝素结合剂。我们提出了几种替代方法来识别和建立核心二级结构元件和可变环区域内的关键热点相互作用，并评估该方法在自然界面重现中的性能。我们表明，该方法产生的结合表面比以前的设计方法更构象限制，减少脱靶相互作用的机会。
Protein–protein interactions play critical roles in biology, and computational design of interactions could be useful in a range of applications. We describe in detail a general approach to de novo design of protein interactions based on computed, energetically optimized interaction hotspots, which was recently used to produce high-affinity binders of influenza hemagglutinin. We present several alternative approaches to identify and build the key hotspot interactions within both core secondary structural elements and variable loop regions and evaluate the method's performance in natural-interface recapitulation. We show that the method generates binding surfaces that are more conformationally restricted than previous design methods, reducing opportunities for off-target interactions.
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影响因子：
5.6
作者：
Binz, HK;Stumpp, MT;Plückthun, A
通讯作者：
Plückthun, A
DOI：
10.1073/pnas.0505425102
发表时间：
2005-10-25
影响因子：
11.1
作者：
Guharoy, M;Chakrabarti, P
通讯作者：
Chakrabarti, P
DOI：
10.1073/pnas.93.12.5688
发表时间：
1996-06-11
影响因子：
11.1
作者：
Braisted, AC;Wells, JA
通讯作者：
Wells, JA
影响因子：
64.8
作者：
Grigoryan, Gevorg;Reinke, Aaron W.;Keating, Amy E.
通讯作者：
Keating, Amy E.
影响因子：
5.6
作者：
Clackson, T;Ultsch, MH;de Vos, AM
通讯作者：
de Vos, AM