Poly-L-proline type II peptide mimics as probes of the active site occupancy requirements of cGMP-dependent protein kinase.
Poly-L-proline type II peptide mimics as probes of the active site occupancy requirements of cGMP-dependent protein kinase.
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聚-L-脯氨酸 II 型肽模拟物作为 cGMP 依赖性蛋白激酶活性位点占用要求的探针。
DOI：
10.1111/j.1399-3011.2005.00280.x
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发表时间：
2005
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Madalengoitia,JS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang,R;Nickl,CK;Mamai,A;Flemer,S;Natarajan,A;Dostmann,WR;Madalengoitia,JS
基于具有内源性抑制剂PKI的cAMP依赖性蛋白激酶（PKA）的X射线晶体结构和具有底物肽的细胞周期蛋白依赖性激酶2（CDK2）的X射线晶体结构，提出了一些蛋白激酶在聚-L-脯氨酸II型（PPII）构象的活性位点结合肽底物的建议。在这项工作中，PPII 肽模拟物被评估为 cGMP 依赖性蛋白激酶 (PKG) 的假底物抑制剂，以探索 PKG 是否也结合 PPII 构象中的肽底物。我们的 PPII 模拟物的抑制数据提供了证据，证明底物肽的 P − 1、P − 2 和 P − 3 残基以 PPII 构象结合（φ 约 -75°，ψ 约 145°）。此外，抑制数据还表明底物肽中的 P − 1、P − 2 和 P − 3 残基以 gauche(−)χ1 角结合。
Based on the X‐ray crystal structure of cAMP‐dependent protein kinase (PKA) with the endogenous inhibitor PKI and the X‐ray crystal structure of cyclin‐dependent kinase 2 (CDK2) with a substrate peptide, a proposal is put forth that some protein kinases bind peptide substrates in their active sites in the poly‐l‐proline type II (PPII) conformation. In this work, PPII peptide mimics are evaluated as pseudosubstrate inhibitors of cGMP‐dependent protein kinase (PKG) to explore if PKG also binds peptide substrates in the PPII conformation. Inhibition data of our PPII mimetics provide evidence that the P − 1, P − 2, and P − 3 residues of substrate peptides bind in the PPII conformation (φapproximately −75°,ψapproximately 145°). In addition, the inhibition data also suggest that the P − 1, P − 2, and P − 3 residues in substrate peptides bind with a gauche(−)χ1 angle.