tRFtarget: a database for transfer RNA-derived fragment targets.
tRFtarget: a database for transfer RNA-derived fragment targets.
复制标题
DOI：
10.1093/nar/gkaa831
复制
发表时间：
2021-01-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Wang Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li N;Shan N;Lu L;Wang Z
转移RNA衍生片段（transferRNA-derivedfragments，tRFs）是一类新的非编码小RNA，在生物学和生理学过程中发挥着重要作用。预测tRF靶基因和结合位点对于理解tRF在人类疾病分子机制中的生物学功能至关重要。我们开发了一个可公开访问的基于Web的数据库，tRFtarget（http：trftarget.net），用于tRF目标预测。它包含使用两种最先进的预测工具RNAhybrid和IntaRNA计算预测的tRFs和mRNA转录本之间的相互作用，包括靶点上的结合位点的位置，结合区域和结合稳定性的自由能，并附有图示。tRFtarget涵盖了8个物种的936个tRFs和13.5万个预测靶标。它允许研究人员通过tRF ID或通过基因符号/转录本名称搜索tRF靶基因。我们还将预测相互作用的手动策划的实验证据整合到数据库中。此外，我们提供了一个方便的链接到大卫®网络服务器上进行下游功能途径分析和预测的靶基因的基因本体注释。该数据库为科学界提供了有用的信息，以实验验证tRF靶基因，并促进tRF的分子功能和机制的调查。
Transfer RNA-derived fragments (tRFs) are a new class of small non-coding RNAs and play important roles in biological and physiological processes. Prediction of tRF target genes and binding sites is crucial in understanding the biological functions of tRFs in the molecular mechanisms of human diseases. We developed a publicly accessible web-based database, tRFtarget (http://trftarget.net), for tRF target prediction. It contains the computationally predicted interactions between tRFs and mRNA transcripts using the two state-of-the-art prediction tools RNAhybrid and IntaRNA, including location of the binding sites on the target, the binding region, and free energy of the binding stability with graphic illustration. tRFtarget covers 936 tRFs and 135 thousand predicted targets in eight species. It allows researchers to search either target genes by tRF IDs or tRFs by gene symbols/transcript names. We also integrated the manually curated experimental evidence of the predicted interactions into the database. Furthermore, we provided a convenient link to the DAVID® web server to perform downstream functional pathway analysis and gene ontology annotation on the predicted target genes. This database provides useful information for the scientific community to experimentally validate tRF target genes and facilitate the investigation of the molecular functions and mechanisms of tRFs.
登录
查看更多内容
影响因子：
14.9
作者：
Frankish A;Diekhans M;Ferreira AM;Johnson R;Jungreis I;Loveland J;Mudge JM;Sisu C;Wright J;Armstrong J;Barnes I;Berry A;Bignell A;Carbonell Sala S;Chrast J;Cunningham F;Di Domenico T;Donaldson S;Fiddes IT;García Girón C;Gonzalez JM;Grego T;Hardy M;Hourlier T;Hunt T;Izuogu OG;Lagarde J;Martin FJ;Martínez L;Mohanan S;Muir P;Navarro FCP;Parker A;Pei B;Pozo F;Ruffier M;Schmitt BM;Stapleton E;Suner MM;Sycheva I;Uszczynska-Ratajczak B;Xu J;Yates A;Zerbino D;Zhang Y;Aken B;Choudhary JS;Gerstein M;Guigó R;Hubbard TJP;Kellis M;Paten B;Reymond A;Tress ML;Flicek P
通讯作者：
Flicek P
影响因子：
64.5
作者：
Hafner M;Landthaler M;Burger L;Khorshid M;Hausser J;Berninger P;Rothballer A;Ascano M Jr;Jungkamp AC;Munschauer M;Ulrich A;Wardle GS;Dewell S;Zavolan M;Tuschl T
通讯作者：
Tuschl T
影响因子：
4.1
作者：
Richter AS;Backofen R
通讯作者：
Backofen R
影响因子：
14.9
作者：
Mann, Martin;Wright, Patrick R.;Backofen, Rolf
通讯作者：
Backofen, Rolf
影响因子：
5.2
作者：
Shan，Nayang;Li，Ningshan;Wang，Zuoheng
通讯作者：
Wang，Zuoheng