Processing ChIP-chip data: from the scanner to the browser.
Processing ChIP-chip data: from the scanner to the browser.
复制标题
处理 ChIP 芯片数据：从扫描仪到浏览器。
DOI：
10.1007/978-1-61779-027-0_12
复制
发表时间：
2011
影响因子：
--
通讯作者：
P. Ferrier
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
P. Cauchy;T. Benoukraf;P. Ferrier
高密度平铺微阵列越来越多地与染色质免疫沉淀（ChIP）分析结合使用，以描绘基因表达的调控。除了这种复杂的生物测定所固有的技术挑战之外，一个关键的，通常令人生畏的问题是正确解释通过利用计算方法产生的大量原始数据。在这里，我们将介绍这个复杂过程的主要步骤，包括优化的染色质免疫沉淀芯片（ChIP芯片）数据标准化，峰值检测以及质量控制报告。我们还描述了方便的独立软件套件，包括我们自己的CoCAS，它适用于最新一代的安捷伦高密度阵列，允许染料交换，复制相关，并与基因组浏览器轻松连接，用于结果解释，或与，例如，其他峰值检测算法。总体而言，本文所述的指南为ChIP芯片技术和分析提供了有效的介绍。
High-density tiling microarrays are increasingly used in combination with chromatin immunoprecipitation (ChIP) assays to delineate the regulation of gene expression. Besides the technical challenges inherent to such complex biological assays, a critical, often daunting issue is the correct interpretation of the sheer amount of raw data generated by utilizing computational methods. Here, we go through the main steps of this intricate process, including optimized chromatin immunoprecipitation on chip (ChIP-chip) data normalization, peak detection, as well as quality control reports. We also describe convenient standalone software suites, including our own, CoCAS, which works on the latest generation of Agilent high-density arrays, allows dye-swap, replicate correlation, and easy connection with genome browsers for results interpretation, or with, e.g., other peak detection algorithms. Overall, the guidelines described herein provide an effective introduction to ChIP-chip technology and analysis.
登录
查看更多内容
影响因子：
7
作者：
Bieda, M;Xu, XQ;Farnham, PJ
通讯作者：
Farnham, PJ
影响因子：
7
作者：
Johnson, David S.;Li, Wei;Liu, X. Shirley
通讯作者：
Liu, X. Shirley
单克隆抗体与 CD-3 亚基的复合可激活 Jurkat 细胞中的微管相关蛋白 2 (MAP-2) 丝氨酸激酶。
DOI：
10.1042/bj2620449
发表时间：
1989
期刊：
The Biochemical journal
影响因子：
--
作者：
Hanekom,C;Nel,A;Gittinger,C;Rheeder,A;Landreth,G
通讯作者：
Landreth,G
影响因子：
56.9
作者：
TUERK, C;GOLD, L
通讯作者：
GOLD, L