Synthesis of C8‐Arylamine‐Modified 2′‐Deoxyadenosine Phosphoramidites and their Site‐Specific Incorporation into Oligonucleotides
Synthesis of C8‐Arylamine‐Modified 2′‐Deoxyadenosine Phosphoramidites and their Site‐Specific Incorporation into Oligonucleotides
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C8â芳胺â修饰的2â²â脱氧腺苷亚磷酰胺的合成及其位点特异性掺入寡核苷酸
DOI：
10.1002/cbic.201100573
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发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
3.2
通讯作者：
C. Meier
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Z. Szombati;S. Baerns;A. Marx;C. Meier
采用钯催化的C - N交叉偶联化学方法合成了C8‐（N‐乙酰基）‐芳胺和2′‐脱氧腺苷的加合物。这些2 ' - dA加合物被转化为相应的3 ' -磷酸酰胺，并位点特异性地结合到DNA寡核苷酸中，通过质谱、紫外热稳定性试验和圆二色性对其进行了表征。这些修饰的寡核苷酸也用于EcoRI限制性内切试验和三种不同DNA聚合酶的引物延伸研究。靠近EcoRI酶切位点的2 ' - dA损伤显著降低了DNA链对切割的敏感性；这表明DNA双螺旋结构存在明显的局部扭曲。然而，将乙酰化的C8‐2’‐dA‐磷酰胺结合到20‐mer寡核苷酸中失败了，因为在去保护过程中N‐乙酰基丢失了。相反，得到了相应的C8‐nh2′‐dA‐修饰的寡核苷酸。C8‐NH‐芳胺‐dA损伤对DNA聚合酶复制的影响显然取决于所使用的聚合酶和芳胺‐dA损伤。
Adducts of C8‐(N‐acetyl)‐arylamines and 2′‐deoxyadenosine were synthesised by palladium‐catalysed CN cross‐coupling chemistry. These 2′‐dA adducts were converted into the corresponding 3′‐phosphoramidites and site‐specifically incorporated into DNA oligonucleotides, which were characterised by mass spectrometry, UV thermal‐stability assays and circular dichroism. These modified oligonucleotides were also used in EcoRI restriction assays and in primer‐extension studies with three different DNA polymerases. The incorporation of the 2′‐dA lesion close to the EcoRI restriction site dramatically reduced the susceptibility of the DNA strand to cleavage; this indicates a significant local distortion of the DNA double helix. The incorporation of the acetylated C8‐2′‐dA‐phosphoramidites into 20‐mer oligonucleotides failed, however, because the N‐acetyl group was lost during the deprotection process. Instead the corresponding C8‐NH‐2′‐dA‐modified oligonucleotides were obtained. The effect of the C8‐NH‐arylamine‐dA lesion on the replication by DNA polymerases was clearly dependent both on the polymerase used and on the arylamine‐dA damage.
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