Sweeps in time: leveraging the joint distribution of branch lengths.
Sweeps in time: leveraging the joint distribution of branch lengths.
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DOI：
10.1093/genetics/iyab119
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发表时间：
2021-10-02
期刊：
影响因子：
3.3
通讯作者：
Setter D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bisschop G;Lohse K;Setter D
目前识别基因组中阳性选择区域的方法在两个关键方面受到限制：基本模型不能解释适应性事件的时间；选择性扫描模型和序列数据之间的比较通常通过简单的遗传多样性总结进行。在这里，我们开发了一种易于处理的方法来描述正选择对周围基因组中的系谱历史的影响，明确地模拟了适应性事件的时间和背景。此外，我们的框架允许我们超越通过站点频谱或其摘要来分析多态数据，而是利用包含在链接变体模式中的信息。对模拟和人类数据示例的测试以及与SweepFinder2的比较表明，即使样本量非常小，我们的分析框架也具有更高的能力来识别旧的选择性扫描，并正确推断选择的时间和强度。最后，我们得出了受连锁位点选择影响的基因座上的家系分支长度的边际分布。这在我们对扫描对序列变异的影响的分析理解与模拟和启发式推理程序的最新进展之间提供了一种亟需的联系，这些程序允许研究人员检查基因组沿线的系谱历史序列。
Current methods of identifying positively selected regions in the genome are limited in two key ways: the underlying models cannot account for the timing of adaptive events and the comparison between models of selective sweeps and sequence data is generally made via simple summaries of genetic diversity. Here, we develop a tractable method of describing the effect of positive selection on the genealogical histories in the surrounding genome, explicitly modeling both the timing and context of an adaptive event. In addition, our framework allows us to go beyond analyzing polymorphism data via the site frequency spectrum or summaries thereof and instead leverage information contained in patterns of linked variants. Tests on both simulations and a human data example, as well as a comparison to SweepFinder2, show that even with very small sample sizes, our analytic framework has higher power to identify old selective sweeps and to correctly infer both the time and strength of selection. Finally, we derived the marginal distribution of genealogical branch lengths at a locus affected by selection acting at a linked site. This provides a much-needed link between our analytic understanding of the effects of sweeps on sequence variation and recent advances in simulation and heuristic inference procedures that allow researchers to examine the sequence of genealogical histories along the genome.
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DOI：
10.1098/rstb.2000.0716
发表时间：
2000-11-29
影响因子：
6.3
作者：
Barton, NH
通讯作者：
Barton, NH
影响因子：
1.9
作者：
Bahlo, M;Griffiths, RC
通讯作者：
Griffiths, RC
影响因子：
9.8
作者：
Bersaglieri, T;Sabeti, PC;Hirschhorn, JN
通讯作者：
Hirschhorn, JN
影响因子：
30.8
作者：
Enattah, NS;Sahi, T;Järvelä, I
通讯作者：
Järvelä, I
影响因子：
5.3
作者：
Coelho, M;Luiselli, D;Rocha, J
通讯作者：
Rocha, J