CARNA--alignment of RNA structure ensembles.
CARNA--alignment of RNA structure ensembles.
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DOI：
10.1093/nar/gks491
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发表时间：
2012-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Will S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sorescu DA;Möhl M;Mann M;Backofen R;Will S
由于最近的算法进步，比较RNA分析的黄金标准工具，即Sankoff式同时比对和折叠，现在很容易应用。然而，这种方法比较RNA与同时预测的单一嵌套共有结构。为了在标准方法的这种限制至关重要的情况下进行RNA的多重比对，我们引入了一个Web服务器，该服务器为RNA结构比对工具“CARNA”提供了一个完整而方便的界面。该工具独特地支持每个RNA具有多个保守结构的RNA，并内在地对齐假结;这些特征对于对齐核糖开关、具有保守折叠途径的RNA或假结是非常期望的。我们将结构输入和输出信息表示为碱基对概率点图;这在输入中提供了很大的灵活性，范围从固定结构到结构集合，并能够立即对结果进行可视化分析。与传统的Sankoff式方法相比，“CARNA”同时优化了输入中的所有结构相似性，例如在整个RNA结构系综中。即使与已经昂贵的Sankoff式对齐相比，“CARNA”通过应用先进的、基于约束的算法技术解决了一个本质上更困难的问题。虽然“CARNA”专门用于RNA与几种保守结构的比对，但其对RNA的性能一般与最先进的通用RNA比对工具相当，正如我们在Bralibase 2.1基准测试中所示。Web服务器可在http://rna.informatik.uni-freiburg.de/CARNA上免费获得。
Due to recent algorithmic progress, tools for the gold standard of comparative RNA analysis, namely Sankoff-style simultaneous alignment and folding, are now readily applicable. Such approaches, however, compare RNAs with respect to a simultaneously predicted, single, nested consensus structure. To make multiple alignment of RNAs available in cases, where this limitation of the standard approach is critical, we introduce a web server that provides a complete and convenient interface to the RNA structure alignment tool ‘CARNA’. This tool uniquely supports RNAs with multiple conserved structures per RNA and aligns pseudoknots intrinsically; these features are highly desirable for aligning riboswitches, RNAs with conserved folding pathways, or pseudoknots. We represent structural input and output information as base pair probability dot plots; this provides large flexibility in the input, ranging from fixed structures to structure ensembles, and enables immediate visual analysis of the results. In contrast to conventional Sankoff-style approaches, ‘CARNA’ optimizes all structural similarities in the input simultaneously, for example across an entire RNA structure ensemble. Even compared with already costly Sankoff-style alignment, ‘CARNA’ solves an intrinsically much harder problem by applying advanced, constraint-based, algorithmic techniques. Although ‘CARNA’ is specialized to the alignment of RNAs with several conserved structures, its performance on RNAs in general is on par with state-of-the-art general-purpose RNA alignment tools, as we show in a Bralibase 2.1 benchmark. The web server is freely available at http://rna.informatik.uni-freiburg.de/CARNA.
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DOI：
10.1186/1748-7188-1-19
发表时间：
2006-10-24
期刊：
Algorithms for molecular biology : AMB
影响因子：
--
作者：
Wilm A;Mainz I;Steger G
通讯作者：
Steger G
影响因子：
4.3
作者：
Will S;Reiche K;Hofacker IL;Stadler PF;Backofen R
通讯作者：
Backofen R
影响因子：
1.8
作者：
HOFACKER, IL;FONTANA, W;SCHUSTER, P
通讯作者：
SCHUSTER, P
影响因子：
2.9
作者：
MCCASKILL, JS
通讯作者：
MCCASKILL, JS
DOI：
10.1016/0005-2795(75)90109-9
发表时间：
1975-01-01
期刊：
BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA
影响因子：
--
作者：
MATTHEWS, BW
通讯作者：
MATTHEWS, BW