Computing phenomenologic Adair-Klotz constants from microscopic MWC parameters.
Computing phenomenologic Adair-Klotz constants from microscopic MWC parameters.
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DOI：
10.1186/1752-0509-3-68
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发表时间：
2009-07-14
影响因子：
--
通讯作者：
Le Novère N
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Stefan MI;Edelstein SJ;Le Novère N
使用MWC变构框架的模型师经常发现很难验证他们的模型。事实上，许多实验并没有考虑到替代构象的概念，因此没有(或不能)测量相关的微观常数和参数。相反，实验者广泛使用Adair-Klotz方法来描述他们的实验数据。我们提出了一种从微观缔合常数和变构参数计算表观Adair-Klotz常数的方法，该模型具有两个不同的状态(R和T)，具有任意数量的非等价配体结合位。我们应用这个框架从现有的钙调蛋白和血红蛋白模型计算Adair-Klotz常数，这是一般框架的两个极端情况。计算模型的验证需要将模型参数与实验可观测量联系起来的方法。我们提供了这样一种方法来比较广义的MWC变构模型和实验确定的Adair-Klotz常数。
Modellers using the MWC allosteric framework have often found it difficult to validate their models. Indeed many experiments are not conducted with the notion of alternative conformations in mind and therefore do not (or cannot) measure relevant microscopic constant and parameters. Instead, experimentalists widely use the Adair-Klotz approach in order to describe their experimental data. We propose a way of computing apparent Adair-Klotz constants from microscopic association constants and allosteric parameters of a generalised concerted model with two different states (R and T), with an arbitrary number of non-equivalent ligand binding sites. We apply this framework to compute Adair-Klotz constants from existing models of calmodulin and hemoglobin, two extreme cases of the general framework. The validation of computational models requires methods to relate model parameters to experimentally observable quantities. We provide such a method for comparing generalised MWC allosteric models to experimentally determined Adair-Klotz constants.
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影响因子：
2.9
作者：
HAIECH, J;KLEE, CB;DEMAILLE, JG
通讯作者：
DEMAILLE, JG
DOI：
10.1142/s0219720006001862
发表时间：
2006-04-01
影响因子：
1
作者：
Najdi, Tarek S.;Yang, Chin-Rang;Mjolsness, Eric D.
通讯作者：
Mjolsness, Eric D.
DOI：
10.1073/pnas.0804672105
发表时间：
2008-08-05
影响因子：
11.1
作者：
Stefan, Melanie I.;Edelstein, Stuart J.;Le Novere, Nicolas
通讯作者：
Le Novere, Nicolas
影响因子：
2.9
作者：
BURGER, D;COX, JA;STEIN, EA
通讯作者：
STEIN, EA
DOI：
10.1073/pnas.0506961102
发表时间：
2005-11-29
影响因子：
11.1
作者：
Mello, BA;Tu, YH
通讯作者：
Tu, YH