A framework for exploring functional variability in olfactory receptor genes.
A framework for exploring functional variability in olfactory receptor genes.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0000682
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发表时间：
2007-08-01
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Gilad Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Man O;Willhite DC;Crasto CJ;Shepherd GM;Gilad Y
嗅觉受体是哺乳动物基因组中最大的基因家族。由于几乎所有的OR基因都是孤儿受体，因此气味受体之间的功能相似性或差异的推断通常依赖于序列比较。基于整个编码区序列的比对，OR基因被分类为家族和亚家族，这种分类被认为是OR基因功能变异的代表。然而，假设整体蛋白质序列多样性是一个很好的代理功能特性是未经检验的。在这里，我们提出了一种替代的基于序列的方法来推断OR结合能力的相似性和差异。我们的方法是基于OR基因的预测结合口袋的相似性和差异，而不是整个OR编码区。有趣的是，与基于整个OR编码区域的分析相比，我们的方法产生了显着不同的结果。虽然这两种方法都不能在这个时候进行测试，但两者之间的差异对当前分类可靠地反映OR基因功能变异性的假设提出了质疑。
Olfactory receptors (ORs) are the largest gene family in mammalian genomes. Since nearly all OR genes are orphan receptors, inference of functional similarity or differences between odorant receptors typically relies on sequence comparisons. Based on the alignment of entire coding region sequence, OR genes are classified into families and subfamilies, a classification that is believed to be a proxy for OR gene functional variability. However, the assumption that overall protein sequence diversity is a good proxy for functional properties is untested. Here, we propose an alternative sequence-based approach to infer the similarities and differences in OR binding capacity. Our approach is based on similarities and differences in the predicted binding pockets of OR genes, rather than on the entire OR coding region. Interestingly, our approach yields markedly different results compared to the analysis based on the entire OR coding-regions. While neither approach can be tested at this time, the discrepancy between the two calls into question the assumption that the current classification reliably reflects OR gene functional variability.
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影响因子：
14.9
作者：
Kawashima, S;Ogata, H;Kanehisa, M
通讯作者：
Kanehisa, M
影响因子：
8
作者：
Man, O;Gilad, Y;Lancet, D
通讯作者：
Lancet, D
DOI：
10.1073/pnas.90.8.3715
发表时间：
1993-04-15
影响因子：
11.1
作者：
LANCET, D;SADOVSKY, E;SEIDEMANN, E
通讯作者：
SEIDEMANN, E
影响因子：
7
作者：
Gilad, Y;Man, O;Glusman, G
通讯作者：
Glusman, G
影响因子：
64.5
作者：
Malnic, B;Hirono, J;Buck, LB
通讯作者：
Buck, LB