SINC-seq: correlation of transient gene expressions between nucleus and cytoplasm reflects single-cell physiology.
SINC-seq: correlation of transient gene expressions between nucleus and cytoplasm reflects single-cell physiology.
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DOI：
10.1186/s13059-018-1446-9
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发表时间：
2018-06-06
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Shintaku H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Abdelmoez MN;Iida K;Oguchi Y;Nishikii H;Yokokawa R;Kotera H;Uemura S;Santiago JG;Shintaku H
我们报告了一种微流体系统，该系统从单个细胞中物理分离核RNA（nucRNA）和细胞质RNA（cytRNA），并实现单细胞整合的nucRNA和cytRNA测序（SINC-seq）。SINC-seq为每个细胞构建了两个单独的RNA-seq文库，nucRNA和cytRNA，量化了亚细胞区室中的基因表达，并将它们结合起来创建新的单细胞RNA-seq数据。利用SINC-seq，我们发现了cytRNA和nucRNA之间不同的相关性，这些相关性反映了单细胞的瞬时生理状态。这些数据提供了独特的见解信使RNA从细胞核到细胞质在单细胞水平的调控网络。本文的在线版本（10.1186/s13059-018-1446-9）包含补充材料，可供授权用户使用。
We report a microfluidic system that physically separates nuclear RNA (nucRNA) and cytoplasmic RNA (cytRNA) from a single cell and enables single-cell integrated nucRNA and cytRNA-sequencing (SINC-seq). SINC-seq constructs two individual RNA-seq libraries, nucRNA and cytRNA, per cell, quantifies gene expression in the subcellular compartments, and combines them to create novel single-cell RNA-seq data. Leveraging SINC-seq, we discover distinct natures of correlation among cytRNA and nucRNA that reflect the transient physiological state of single cells. These data provide unique insights into the regulatory network of messenger RNA from the nucleus toward the cytoplasm at the single-cell level. The online version of this article (10.1186/s13059-018-1446-9) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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影响因子：
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作者：
Naro C;Jolly A;Di Persio S;Bielli P;Setterblad N;Alberdi AJ;Vicini E;Geremia R;De la Grange P;Sette C
通讯作者：
Sette C
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作者：
Krishnaswami SR;Grindberg RV;Novotny M;Venepally P;Lacar B;Bhutani K;Linker SB;Pham S;Erwin JA;Miller JA;Hodge R;McCarthy JK;Kelder M;McCorrison J;Aevermann BD;Fuertes FD;Scheuermann RH;Lee J;Lein ES;Schork N;McConnell MJ;Gage FH;Lasken RS
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Boutz PL;Bhutkar A;Sharp PA
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作者：
Gao R;Kim C;Sei E;Foukakis T;Crosetto N;Chan LK;Srinivasan M;Zhang H;Meric-Bernstam F;Navin N
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