EvoRSR: an integrated system for exploring evolution of RNA structural robustness.
EvoRSR: an integrated system for exploring evolution of RNA structural robustness.
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EvoRSR：用于探索 RNA 结构鲁棒性进化的集成系统
DOI：
10.1186/1471-2105-10-249
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发表时间：
2009-08-13
影响因子：
3
通讯作者：
Wang S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Shu W;Ni M;Bo X;Zheng Z;Wang S
鲁棒性，尽管扰动保持恒定的表型，是生物系统的一个基本属性，在各种水平的生物复杂性。虽然鲁棒性在自然界中经常被观察到，但其进化起源仍然未知。目前的假说认为，鲁棒性起源于自然选择的直接结果，作为适应的内在属性，或作为环境鲁棒性的一致相关。为了阐明鲁棒性的进化起源，强烈需要一个方便的计算包。在这项研究中，我们开发了开源集成系统EvoRSR（RNA结构鲁棒性进化），以探索基于RNA折叠诱导的生物重要景观的鲁棒性进化。EvoRSR是面向对象的、模块化的，并且可以在GNU/GPL许可下免费获得。我们提出了一个概述EvoRSR包，并说明其功能与miRNA基因cel-mir-357。EvoRSR是一个新颖而灵活的软件包，用于探索鲁棒性的进化。因此，EvoRSR可用于未来的研究，以调查鲁棒性的演变和起源，并解决其他常见的鲁棒性问题。虽然目前的EvoRSR环境是一个多功能的分析框架，未来的版本可以包括功能，以增强鲁棒性的进化研究。
Robustness, maintaining a constant phenotype despite perturbations, is a fundamental property of biological systems that is incorporated at various levels of biological complexity. Although robustness has been frequently observed in nature, its evolutionary origin remains unknown. Current hypotheses suggest that robustness originated as a direct consequence of natural selection, as an intrinsic property of adaptations, or as a congruent correlate of environment robustness. To elucidate the evolutionary origins of robustness, a convenient computational package is strongly needed. In this study, we developed the open-source integrated system EvoRSR (Evolution of RNA Structural Robustness) to explore the evolution of robustness based on biologically important landscapes induced by RNA folding. EvoRSR is object-oriented, modular, and freely available at under the GNU/GPL license. We present an overview of EvoRSR package and illustrate its features with the miRNA gene cel-mir-357. EvoRSR is a novel and flexible package for exploring the evolution of robustness. Accordingly, EvoRSR can be used for future studies to investigate the evolution and origin of robustness and to address other common questions about robustness. While the current EvoRSR environment is a versatile analysis framework, future versions can include features to enhance evolutionary studies of robustness.
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DOI：
10.1111/j.1469-185x.1931.tb01030.x
发表时间：
1931-10-01
影响因子：
--
作者：
Fisher, RA
通讯作者：
Fisher, RA
影响因子：
10.7
作者：
Sanjuan, Rafael;Forment, Javier;Elena, Santiago F.
通讯作者：
Elena, Santiago F.
影响因子：
1.8
作者：
HOFACKER, IL;FONTANA, W;SCHUSTER, P
通讯作者：
SCHUSTER, P
DOI：
10.1098/rspb.1994.0040
发表时间：
1994-03-22
影响因子：
4.7
作者：
SCHUSTER, P;FONTANA, W;HOFACKER, IL
通讯作者：
HOFACKER, IL
影响因子：
5.8
作者：
Bonnet, E;Wuyts, J;Van de Peer, Y
通讯作者：
Van de Peer, Y