A G-quadruplex-containing RNA activates fluorescence in a GFP-like fluorophore.
A G-quadruplex-containing RNA activates fluorescence in a GFP-like fluorophore.
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含有 G-四链体的 RNA 会激活类 GFP 荧光团中的荧光。
DOI：
10.1038/nchembio.1561
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发表时间：
2014-08
影响因子：
14.8
通讯作者：
Piccirilli, Joseph A.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Huang, Hao;Suslov, Nikolai B.;Li, Nan-Sheng;Shelke, Sandip A.;Evans, Molly E.;Koldobskaya, Yelena;Rice, Phoebe A.;Piccirilli, Joseph A.
菠菜是一种体外选择的 RNA 适体，可结合 GFP 样配体并激活其绿色荧光。因此，菠菜是 GFP 的 RNA 类似物，在体内标记和成像方面具有潜在的广泛应用。我们使用抗体辅助晶体学分别以 2.2 和 2.4 Å 的分辨率确定了带有和不带有结合荧光团的菠菜的结构。菠菜 RNA 具有细长的结构，包含两个螺旋结构域，两个螺旋结构域被内部凸起分开，折叠成不寻常拓扑的 G-四链体基序。 G-四链体基序和相邻的核苷酸包含部分预先形成的荧光团结合位点。荧光团以平面构象结合，并与 RNA 产生广泛的芳香堆积和氢键相互作用。我们的研究结果为新型荧光团结合 RNA 适体的基于结构的工程奠定了基础。
Spinach is an in vitro selected RNA aptamer that binds a GFP-like ligand and activates its green fluorescence.Spinach is thus an RNA analog of GFP, and has potentially widespread applications for in vivo labeling and imaging. We used antibody-assisted crystallography to determine the structures of Spinach both with and without bound fluorophore at 2.2 and 2.4 Å resolution, respectively. Spinach RNA has an elongated structure containing two helical domains separated by an internal bulge that folds into a G-quadruplex motif of unusual topology. The G-quadruplex motif and adjacent nucleotides comprise a partially pre-formed binding site for the fluorophore.The fluorophore binds in a planar conformation and makes extensive aromatic stacking and hydrogen bond interactions with the RNA. Our findings provide a foundation for structure-based engineering of new fluorophore-binding RNA aptamers.
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DOI：
10.1038/nrg3296
发表时间：
2012-11
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
14.9
作者：
Mashima T;Matsugami A;Nishikawa F;Nishikawa S;Katahira M
通讯作者：
Katahira M
DOI：
10.1107/s0907444904019158
发表时间：
2004-12-01
影响因子：
2.2
作者：
Emsley, P;Cowtan, K
通讯作者：
Cowtan, K
DOI：
10.1073/pnas.0911888107
发表时间：
2010-05-04
影响因子：
11.1
作者：
Keating, Kevin S.;Pyle, Anna Marie
通讯作者：
Pyle, Anna Marie
RNA 双链体-四链体连接的 FMRP RGG 肽识别的结构功能研究。
影响因子：
16.8
作者：
Anh Tuan Phan;Kuryavyi, Vitaly;Darnell, Jennifer C.;Serganov, Alexander;Majumdar, Ananya;Ilin, Serge;Raslin, Tanya;Polonskaia, Anna;Chen, Cynthia;Clain, David;Darnell, Robert B.;Patel, Dinshaw J.
通讯作者：
Patel, Dinshaw J.