Minimotif Miner 4: a million peptide minimotifs and counting.
Minimotif Miner 4: a million peptide minimotifs and counting.
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DOI：
10.1093/nar/gkx1085
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发表时间：
2018-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Schiller MR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lyon KF;Cai X;Young RJ;Mamun AA;Rajasekaran S;Schiller MR
Minimotif Miner （MnM）是一个用于分析短功能肽基序的数据库和网络系统。我们对MnM进行了更新，将数据库从30万增加到100万，000个小motif一致性序列和实例。这种增长主要来自现有数据库的数据更新，以及用高通量方法分析不同类型的翻译后修饰的文章注释。另一项更新是绘制人类蛋白质及其微小基序图，以了解来自dbSNP的人类变体，构建150。现在MnM - 4可以用来产生关于人类遗传变异如何影响最小基序和结果的机制假设。其中一个例子是使用组合的小基序/SNP工具鉴定了一个泛素化小基序编码在切除修复交叉互补2 （ERCC2）核苷酸切除修复基因中的功能缺失错义SNP。这种SNP在许多类型的癌症中具有全基因组意义，与MnM 4鉴定的变异揭示了关于ERCC2在癌症中作用的更详细的机制假设。web系统的其他更新包括将web系统和数据库迁移到Docker容器的新架构，以获得更好的性能和管理。链接：minimotifminer.org和mnm.engr.unconn.edu
Minimotif Miner (MnM) is a database and web system for analyzing short functional peptide motifs, termed minimotifs. We present an update to MnM growing the database from ∼300 000 to >1 000 000 minimotif consensus sequences and instances. This growth comes largely from updating data from existing databases and annotation of articles with high-throughput approaches analyzing different types of post-translational modifications. Another update is mapping human proteins and their minimotifs to know human variants from the dbSNP, build 150. Now MnM 4 can be used to generate mechanistic hypotheses about how human genetic variation affect minimotifs and outcomes. One example of the utility of the combined minimotif/SNP tool identifies a loss of function missense SNP in a ubiquitylation minimotif encoded in the excision repair cross-complementing 2 (ERCC2) nucleotide excision repair gene. This SNP reaches genome wide significance for many types of cancer and the variant identified with MnM 4 reveals a more detailed mechanistic hypothesis concerning the role of ERCC2 in cancer. Other updates to the web system include a new architecture with migration of the web system and database to Docker containers for better performance and management. Weblinks:minimotifminer.org and mnm.engr.uconn.edu
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